Setelah rapat pada tanggal 16 September 2011, Komite Eksekutif PSSI kemudian memutuskan bahwa kompetisi musim 2011–12 akan tetap diselenggarakan dengan format satu wilayah dan juga tidak ada perubahan mengenai struktur liga.<ref name="tidakberubah"/><ref name="keputusanformat-goal">[http://www.goal.com/id-ID/news/1387/nasional/2011/09/17/2669381/pssi-akan-panggil-18-klub-liga-super PSSI Akan Panggil 18 Klub Liga Super]</ref><ref name="keputusanformat-detik">[http://www.detiksport.com/sepakbola/read/2011/09/16/201127/1724485/76/anggota-exco-kompetisi-liga-indonesia-satu-wilayah Anggota Exco: Kompetisi Liga Indonesia Satu Wilayah]</ref>
=== Kontroversi tim peserta alias TIM GRATISAN ===
TIM GRATISAN tidak tahu malu, naek ke kasta tertinggi karena MENYEMBAH BAGINDA ARIFIN PANIGORO contohnya BONEK dgn Persebaya 1927. Bersamaan dengan pengumuman mengenai format dan struktur, pada tanggal 26 Agustus 2011, Sihar juga mengumumkan bahwa kompetisi profesional level 1 akan diikuti oleh 32 klub (yang terbagi ke dalam 2 wilayah). Pada saat itu, PSSI mengeluarkan daftar 34 klub calon peserta yang merupakan 18 klub eks-peserta [[Liga Super Indonesia 2010–11|LSI 2010–11]] dan 14 klub yang sudah berbadan hukum [[perseroan terbatas|PT]]. Dua klub yang mendapatkan nilai terendah dalam verifikasi kelayakan stadion oleh AFC akan menjadi peserta kompetisi profesional level 2. Ke-34 klub tersebut adalah sebagai berikut:<ref name="peserta"/>
{{col-begin}}
{{col-4}}
=== Penentangan dari sebagian klub dan penyelenggaraan kembali LSI ===
{{utama|Liga Super Indonesia 2011–12}}
KLUB-KLUB TERBAIK DALAM NEGERI MENOLAK TIM GRATISAN. Pada pertemuan manajer klub peserta kompetisi yang diadakan pada tanggal 13 Oktober 2011, klub-klub peserta terpecah ke dalam 2 kubu. 14 klub menolak mengikuti Liga Prima Indonesia di bawah pengelolaan [[Liga Prima Indonesia Sportindo|PT Liga Prima Indonesia Sportindo]] (PT LPIS) yang direncanakan akan dimulai pada tanggal 15 Oktober 2011 dan memilih menyelenggarakan LSI yang tetap dikelola oleh [[Liga Indonesia (perusahaan)|PT LI]] sesuai dengan amanat Kongres II PSSI 2011.<ref>[http://www.detiksport.com/sepakbola/read/2011/10/13/225334/1743737/76/14-klub-liga-indonesia-ancam-gelar-liga-tandingan 14 Klub Liga Indonesia Ancam Gelar Liga Tandingan]</ref> Ke-14 klub ini, yang didukung oleh La Nyalla,<ref>[http://bola.kompas.com/read/2011/10/14/0038178/La.Nyalla.PSSI.Harus.Mengakomodasi.Kubu.14 La Nyalla: PSSI Harus Mengakomodasi Kubu 14]</ref> menentang pembentukan PT LPIS karena mekanisme pembagian saham yang dianggap melanggar amanat kongres dan menganggap penetapan 24 klub peserta kompetisi melanggar Statuta PSSI.<ref>[http://bola.kompas.com/read/2011/10/13/23104825/Kubu.14.Klub.Vs.Kubu.10.Klub Kubu 14 Klub Vs Kubu 10 Klub]</ref><ref>[http://www.detiksport.com/sepakbola/read/2011/10/13/233758/1743741/76/kick-off-liga-indonesia-tanggal-15-oktober-ditentang-14-klub Kick-off Liga Indonesia Tanggal 15 Oktober Ditentang 14 Klub]</ref> Di lain pihak, ada kubu 10 klub yang tetap mendukung Liga Prima Indonesia dimulai pada tanggal 15 Oktober 2011 meskipun juga tetap meminta adanya restrukturisasi kepemilikan saham PT LPIS agar sesuai dengan amanat Kongres II PSSI 2011.<ref>[http://bola.kompas.com/read/2011/10/14/01101295/Kubu.10.Siap.Ikuti.Kompetisi.PSSI Kubu 10 Siap Ikuti Kompetisi PSSI]</ref><ref>[http://www.detiksport.com/sepakbola/read/2011/10/14/032123/1743766/76/klub-terpecah-jadi-dua-kubu Klub Terpecah Jadi Dua Kubu]</ref> PT LPIS sendiri, yang baru terbentuk pada tanggal 5 Oktober 2011, merupakan pengganti PT Liga Prima Indonesia.<ref>[http://politikana.com/baca/2011/10/13/la-nyalla-bicara-pengelola-isl.html La Nyalla Bicara Pengelola ISL]</ref>
Walaupun disebutkan termasuk ke dalam kubu 14 klub, [[Persib Bandung]] dan [[Semen Padang FC]] tetap bermain dalam pertandingan perdana IPL pada tanggal 15 Oktober 2011 di [[Stadion Si Jalak Harupat]] dengan status pertandingan yang belum ditentukan.<ref>[http://www.goal.com/id-ID/news/1391/superliga-indonesia/2011/10/14/2710664/umuh-muhtar-pastikan-persib-main-lawan-semen-padang Umuh Muhtar Pastikan Persib Main Lawan Semen Padang]</ref>
==== Persija Jakarta ====
PERSIJA IPL adalah klub ABAL-ABAL yg mengaku sbg PERSIJA padahal JAKARTA FC. Memasuki kompetisi musim 2011–12, [[Persija Jakarta|Persija]] diklaim oleh 3 pihak berbeda, yaitu PT Persija Jaya, PT Persija Jakarta, dan PT Persija Jaya Jakarta. PSSI pada akhirnya memutuskan PT Persija Jaya yang didaftarkan oleh salah satu direksinya, Bambang Sutjipto, sebagai pihak yang berhak mengatasnamakan Persija. Kubu Bambang didukung oleh Hadi Basalamah, CEO [[Jakarta FC 1928]], sehingga tim Persija yang akan berkompetisi di IPL sebagian besar terdiri dari pemain-pemain eks Jakarta FC 1928. PT Persija Jaya Jakarta di bawah pimpinan Ferry Paulus menolak mengakui keputusan tersebut. Kubu Ferry didukung oleh sebagian besar stakeholder Persija, antara lain para pemain Persija musim sebelumnya dan [[The Jakmania]]. Persija versi Ferry sendiri kemudian tercatat mengikuti RUPS PT LI tanggal 27 Oktober 2011 dan menjadi peserta LSI 2011–12. Sementara, di tubuh Persija versi Bambang kemudian terjadi konflik internal karena direksi dan komisaris PT Persija Jaya yang lain, Benny Erwin dan Mahfud Nigara, tidak terima dengan keputusan Bambang yang mendaftarkan Persija mengikuti IPL.<ref>[http://bola.okezone.com/read/2011/10/21/49/518686/badai-penolakan-kembali-hantam-pt-persija-jaya Badai Penolakan Kembali Hantam PT Persija Jaya]</ref> Nigara dan perwakilan klub anggota Persija yang merupakan pemegang saham PT Persija Jaya meminta pembubaran perusahaan tersebut.<ref>[http://bola.okezone.com/read/2011/10/21/49/518694/persija-jaya-didesak-bubar Persija Jaya Didesak Bubar]</ref><ref>[http://www.jakmania.org/ind/index.php?option=com_content&task=view&id=1469&Itemid=2 Kronologis "Kisruh" di Persija]</ref>
==== PSMS Medan ====
|