Selama hidupnya, Herakles telah sebanyak menikah empat kali. Istri pertamanya adalah [[Megara]], yang anak-anaknya dia bunuh karena mengalami suatu kegilaan. Menurut ''[[Bibliotheke]]'' karya Apollodorus, Megara tidak terluka dan kemudian dinikahkan dengan [[Iolaus]], sementara menurut [[Euripides]], Herakles membunuh Megara juga.
2. Babi aer
Istri keduanya adalah [[Omfale]], ratu [[Lydia]] yang menjadi pemilik Herakles ketika sang pahlawan harus menjadi budak.
Istri ketiganya adalah [[Deianira]], Herakles mengalahkan dewa sungai [[Akhelous]] dalam upayanya mendapatkan Deianeira. Setelah mereka menikah, Herakles dan Deianira harus menyeberangi sebuah sungai dan seorang [[Kentaur]] bernama [[Nessus]] menawarkan diri untuk membantu menyeberangkan Deianira tetapi Nessus malah mencoba memperkosa Deianeira. Herakles marah dan memanah Nessus dengan panah beracunnya. Sebelum mati, Nessus memberitahu Deianeira untuk mengumpulkan darahnya dan mengoleskannya pada jubahnya dan jika suatu saat Deianira khawatir Herakles selingkuh, Deaneira harus memakaikan jubah tersebut pada Herakles
Di kemudian hari, Deianira curiga bahwa Herakles menyukai [[Iole]]. Deaneira lalu melakukan apa yang dikatakan oleh Nessus, Deaneira merendam sebuah jubah dalam darah Nessus untuk kemudian dipakai oleh Herakles. Herakles memakai [[Jubah Nessos|jubah]] tersebut dan tiba-tiba merasa sangat kesakitan. Darah Nessus yang telah tercampuri darah [[Hidra]] membuat kulit Herakles terbakar. Herakles berusaha melepaskan jubah tersebut tetapi tidak berhasil. Herakles pun akhirnya mati.
Setelah meninggal, dia diangkat sebagai dewa di [[Gunung Olimpus]] dan dinikahkan dengan [[Hebe]].
Cerita lain mengenai hubungan Herakles dengan perempuan adalah ketika dia diminta oleh [[Thespius]] raja [[Thespiae]] untuk membunuh [[Singa Kitheron]]. Sebagai imbalannya, sang raja mengizinkannya untuk bersetubuh dengan ke-50 putrinya dalam satu malam. Herakles pun setuju. Putri-putri sang raja kemudian hamil oleh Herakles dan semuanya melahirkan anak laki-laki. Banyak dari anak-anak ini nantinya menjadi raja di berbagai kota.
