IstanaPuro Paku Alaman ini adalah sebuah istana kecil jika dibandingkan dengan [[Keraton Yogyakarta]]. Ini menunjukkan kedudukan kadipaten ini yang walaupun sebagai negara berdaulat sendiri di luar Kesultanan Yogyakarta namun tetap setingkat di bawahnya. Istana ini menghadap ke arah selatan (sekarang Jalan Sultan Agung). Di depannya juga terdapat sebuah tanah lapang kecil, [[Alun-alun Sewandanan]]. [[Masjid Besar Pakualaman]] terdapat di sebelah barat daya istana. Arsitektur masjid mirip dengan [[Masjid Gedhe Kauman|masjid raya kesultanan]] namun dalam skala lebih kecil dan sederhana. Di dalamnya juga terdapat [[mimbar]] dan [[maksura]], tempat khusus untuk Pangeran Paku Alam, seperti yang juga terdapat di masjid raya kesultanan tersebut.
Istana ini diapit oleh jalan umum di sisi utara(Jl. Purwanggan), timur (Jl. Harjono), dan selatan (Jl. Sewandanan). Gerbang istana Paku Alaman terdapat di sisi selatan (gerbang utama) dan sisi utara (sudah ditutup, namun masih ada bekas-bekasnya). Konon dulu istana ini juga dikelilingi benteng [[baluwarti]] yang tidak beranjungan. Konon tembok tebal sepanjang 20dua mpuluh meter di sisi utara jalanJalan Sultan Agung sebelah timur pertigaan dengan Jalan Jagalan dipercaya sebagai bekas baluwarti tersebut. Gerbangnya konon terdapat di ujung selatan Jalan Gajah Mada.
Puro Paku Alaman masih menjadi tempat kediaman resmi Sri Paduka [[Paku Alam IX]], yang juga Wakil[[wakil Gubernurgubernur]] [[Provinsi]] [[Daerah Istimewa DIYYogyakarta]]. Bagian yang dapat dilihat oleh umum adalah pendapa terdepan yang disebut dengan '''Bangsal Sewatama'''. Sementara itu, bagian yang terbuka untuk dimasuki umum hanyalah bagian [[Museum Puro Pakualaman]].