Setelah mantan Presiden PKS [[Luthfi Hasan Ishaaq]] ditetapkan oleh [[Komisi Pemberantasan Korupsi]] dan mengun durkanmengundurkan diri, Majelis Syuro PKS menetapkan Anis sebagai Presiden Partai Keadilan Sejahtera. <ref>http://nasional.kompas.com/read/2013/02/01/14570152/Anis-Matta-Gantikan-Luthfi-Hasan-Jadi-Presiden-PKS</ref> Setelah menjadi Presiden PKS<ref>[http://www.islamicgeo.com/2013/02/ini-dia-pidato-presiden-baru-pks.html Pidato Anis Mata setelah dilantik menjadi Presiden PKS]; IslamicGeo.com; Diakses 6 Februari 2013</ref>, dirinya kemudian mengundurkan diri dari jabatan [[Pimpinan DPR|Wakil Ketua DPR-RI]] sekaligus dari anggota [[Dewan Perwakilan Rakyat]] RI<ref>http://nasional.kompas.com/read/2013/02/01/13320226/Presiden-Baru-PKS-Akan-Mundur-dari-DPR</ref>
