Lahir dipada tahun 2332 di [[New Orleans, Louisiana]], Benjamin adalah anak dari [[Joseph Sisko]], seorang ''[[chef]]'' dan pemilik dari [[restoran]] "Sisko's Creole Kitchen," biasa disebut "Sisko's". Ibu kandungnya adalah seorang manusia bernama Sarah. Namun, Sarah sebenarnya dirasuki oleh salah satu dari ''[[Bajoran Prophets]]'' (mahluk dari ''[[Bajoran wormhole]])'', yang memanipulasi Sarah agar menikah dengan Joseph dan melahirkan Benjamin. Sarah dan Joseph hidup bahagia sebagai suami-istri hingga Sarah menghilang dua hari setelah ulang tahun Ben, saat makhluk hidup yang merasuki Sarah meninggalkan tubuh Sarah. Sarah meninggal dalam sebuah kecelakaan beberapa minggu sesudahnya. Joseph akhirnya bertemu dan menikah dengan wanita lain yang akhirnya membesarkan Benjamin seperti anaknya sendiri. Benjamin tidak mengetahui fakta mengenai hal tersebut hingga ia dewasa dan lama setelah ia bertemu dengan ''Bajoran Prophets''.<ref> Episode "[[Shadows and Symbols]]"; Star Trek: Deep Space Nine, Episode 2 dari Season 7</ref> Ben memiliki seorang saudara perempuan bernama Judith, dan setidaknya dua saudara laki-laki.
Sisko masuk ke [[Starfleet Academy]] pada tahun 2350. Selama ''tahun [[sophomore]]''-nya, ia sedang ada dalam tugas lapangan di Starbase 137. Ia bertemu dengan seorang wanita bernama Jennifer di ''[[Babylon (kota), New York|Babylon]]'', [[New York]], tepatnya di ''[[Gilgo-Oak Beach-Captree, New York|Gilgo Beach]]''. Beberapa waktu setelah lulus dari ''[[Starfleet Academy]]'', keduanya menikah dan memiliki seorang anak bernama [[Jake Sisko|Jake]].<ref name="ReferenceA">Episode "[[Emissary (DS9 episode)|Emissary]]"; Star Trek: Deep Space Nine, Episode 1 of Season 1</ref>
