Jalan pedalaman yang menghubungkan bagian kota yang berbeda umumnya dikenal sebagai [[Rute negeri|jalan negaranegeri]]. Jaringan jalan ini dibangun dan dikelola oleh departemen [[Departemen Pekerjaan Umum Malaysia|Bekerja Malaysia]]. Kebanyakan jalan pedalaman utama adalah [[jalan raya kembar]]. Salah satu jalan utama di sini adalah Jalan Lintas-Jalan Tuaran Bypass, yang berfungsi sebagai [[jalan lingkar]], mengelilingi kota dan menghubungkan daerah dan daerah pinggiran di sekitar seperti [[Putatan]], [[Penampang]], Luyang, Likas, [[Inanam]], [[Menggatal]], [[Sepanggar]], dan [[Tuaran]]. Kota Kinabalu dihubungkan oleh [[jalan tol]] dengan kota-kota yang jauh di sekitar [[Sabah]] terutama melalui [[Rute federal|jalan federal]] yang dikelola oleh Departemen Pekerjaan Umum. Jalur jalan raya dari kota ini termasuk:
* Kota Kinabalu – [[Tamparuli]] – [[Kudat]] – [[Kota Marudu]]
* Kota Kinabalu – [[Tamparuli]] – [[Ranau]] – [[Sandakan]] – [[Tawau]] – [[Serudong]] (sebahagian daripada [[Jalan Tol Trans Kalimantan]])
