Hampir setiap tahun SMA Negeri 3 Kota Pekalongan berhasil mengirimkan siswanya untuk menjadi bagian dalam Pasukan Pengibar Bendera (Paskibra) Kota Pekalongan. Namun berdirinya wadah Pasukan Khusus ini baru dibentuk tahun 2006 dengan di ketuai oleh '''M. Zakaria''' dengan wakil '''Fahri Husaini Alkaff'''. Pembentukan pasukan khusus ini bermula dengan ide dari mantan Paskibra Kota Pekalongan Tahun 2005 asal SMA Negeri 3 '''(Zidni Darissalam)''' untuk membuat pasukan khusus di sekolahnya. Dengan beberapa junior di SMA Negeri 3 Kota Pekalongan, Zidni membentuk sebuah pasukan dan hingga akhirnya dalam sebuah permusyawahan ditetapkanlah nama PASTIGA (Pasukan Istimewa SMA Negeri 3). Pada permusyawahan pertama Fahri Husaini Alkaff sempat terpilih sebagai ketua, namun karena ditahun tersebut dia memiliki tanggung jawab sebagai ketua PMR, akhirnya ditetapkan ketua angkatan I untuk PASTIGA adalah M. Zakaria dengan wakil Fahri Husaini Alkaff.
PALANG MERAH REMAJA
Palang Merah Remaja di SMA Negeri 3 Pekalongan, sempat vakum sebelum tahun 2005 karena kurang perkembangan dalam dunia PMR di sekolah ini. Namun pada tahun 2005, '''Fahri Husaini Alkaff''' bersama '''M. Sa'dun Akbar''' dan '''Fuad Fauzi''' mulai menggerakan kembali ektrakulikuler ini. '''Fahri Husaini Alkaff''' terpilih menjadi ketua pada ''''selama 2 periode (2005-2006, 2006-2007)'''', dengan ''''wakil M. Sa'dun Akbar'''', setelah terpilih dalam musyawarah hingga yang akhirnya dapat berkembang hingga sekarang ini. Pada awal perkembangan PMR ini, ketua dan wakil, sering menjalin kerja sama dengan PMR dari sekolah lain di kota Pekalongan dan luar kota Pekalongan. Hingga akhirnya pada tahun 2007, PMR di SMA Negeri 3 Kota Pekalongan menjadi juara pertama PMR se-kota Pekalongan. Dan di tahun 2007 pula, PMR SMA Negeri 3 Pekalongan mewakili PMR Wira di Kota Pekalongan dalam JUMBARA (Jumpa Bakti Gembira) tingkat Propinsi yang diselenggarakan di selenggarakan Bumi Perkemahan Bobotsari, Purbaling dan berhasil menjadi Regu terbaik kelima tingkat Jawa Tengah. Hingga akhirnya dapat berkembang dan berprestasi hingga saat ini.
