[[Berkas:Panzernashorn2004.jpg|thumb|[[Badak India]] berhubungan dekat dengan badak Jawa; mereka adalah dua anggota tipe genus badak.]]
Leluhur badak pertama kali terbagiterpisah dari ''[[Perissodactyl]]'' lainnya pada masa [[Eosen|Eosen awal]]. Perbandingan [[DNA]] [[mitokondria]] memberikan kesan bahwa leluhur badak modern terbagiterpisah dari leluhur ''[[Equidae]]'' sekitar 50 juta tahun yang lalu.<ref name=DNA/> Famili yang masih ada, [[Rhinocerotidae]], pertama kali muncul pada Eosen akhir di [[Eurasia]], dan leluhur spesies badak modern terbagimuncul dari Asia pada awal [[Miosen]].<ref name=Lacombat>{{Cite book | author = Lacombat, Frédéric | year = 2005 | chapter = The evolution of the rhinoceros | pages = 46–49 | editor = Fulconis, R. | title = Save the rhinos: EAZA Rhino Campaign 2005/6 | location = London | publisher = [[European Association of Zoos and Aquaria]] }}</ref>
Badak jawa dan badak india adalah satu-satunya anggota genus ''[[Rhinoceros (genus)|Rhinoceros]]'' yang pertama kali muncul pada rekaman [[fosil]] di [[Asia]] sekitar 1,6 juta-3,3 juta tahun yang lalu. Perkiraan molekul memberikan kesan bahwa spesies telah terbagiterbentuk lebih awal, sekitar 11,7 juta tahun yang lalu.<ref name=DNA>{{Cite journal | title = The Complete Mitochondrial DNA Sequence of the Greater Indian Rhinoceros, ''Rhinoceros unicornis'', and the Phylogenetic Relationship Among Carnivora, Perissodactyla, and Artiodactyla (+ Cetacea) | author = Xu, Xiufeng | coauthors = Axel Janke, and Ulfur Arnason | journal = Molecular Biology and Evolution | volume = 13 | issue = 9 | pages = 1167–1173 | url = http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/reprint/13/9/1167 | accessdate = 2007-11-04}}</ref><ref name = Tougard>{{Cite journal | author = Tougard, C. | coauthors = T. Delefosse, C. Hoenni, and C. Montgelard | year = 2001 | title = Phylogenetic relationships of the five extant rhinoceros species (Rhinocerotidae, Perissodactyla) based on mitochondrial cytochrome b and 12s rRNA genes | journal = Molecular Phylogenetics and Evolution | volume = 19 | issue = 1 | pages = 34–44}}</ref> Walaupun masuk ke dalam tipe genus, badak Jawa dan [[India]] dipercaya tidak berhubungan dekat dengan spesies badak lainnya. Penelitian berbeda telah mengeluarkan hipotesis bahwa mereka mungkin berhubungan dekat dengan ''Gaindetherium'' atau ''Punjabitherium'' yang telah punah. Analisis [[klad]] Rhinocerotidae meletakkan ''Rhinoceros'' dan ''Punjabitherium'' yang telah punah pada klad dengan ''[[Dicerorhinus]]'', badak Sumatra. Penelitian lain mengusulkan bahwa [[badak Sumatra]] lebih berhubungan dekat dengan dua spesies badak di [[Afrika]].<ref name=Cerdeno>{{Cite journal | last = Cerdeño | first = Esperanza | url = http://digitallibrary.amnh.org/dspace/bitstream/2246/3566/1/N3143.pdf | journal = Novitates | publisher = [[American Museum of Natural History]] | year = 1995 | title = Cladistic Analysis of the Family Rhinocerotidae (Perissodactyla) | issn = 0003-0082 | number = 3143 | accessdate = 2007-11-04}}</ref> Badak Sumatra dapatmungkin terbagiterpisah dari badak Asia lainnya 15 juta tahun yang lalu.<ref name=Dinerstein/><ref name=Lacombat/>
