Wikipedia:Bak pasir: Perbedaan antara revisi
Konten dihapus Konten ditambahkan
Tidak ada ringkasan suntingan |
Tidak ada ringkasan suntingan |
||
Baris 1:
[[File:RAPD Erika.png|thumb|Reaksi RAPD]]
'''Random Amplified Polymorphic DNA''' (RAPD) adalah pengembangan teknik dari [[PCR]] yang dapat menggandakan (mengamplifikasi) sekuens [[DNA]]. <ref name="Dhruve et al"> {{en}} {{cite book|author=Dhruve JJ, Kandoliya UK, Patel SV, Golakiya BA| title = DNA: A Bridge Between Biochemistry and Biotechnology| publisher = New India, New Delhi| year=2008|}} </ref> Perbedaannya dengan PCR adalah RAPD dapat mengamplifikasi segmen DNA yang tidak diketahui sekuensnya.<ref name="Dhruve et al"/> Hal ini menjadi mungkin dilakukan dengan menyusun dan mensintesis [[primer]] yang terdiri dari 10 [[basa nitrogen]]. <ref name="Dhruve et al"/> Primer ini kemudian akan menempel pada sekuens DNA yang akan diamplifikasi dan proses amplifikasi dengan PCR pun dilakukan. <ref name="Dhruve et al"/>
==Primer==
Pada PCR, polimerisasi DNA hanya dapat dimulai jika terdapat primer. Primer berfungsi untuk mengawali proses polimerisasi untaian DNA. <ref name = "Johsi et al"> {{en}} {{cite journal | author= Joshsi J, Manandhar L, Shrestha P, Gupta R, Manadhar R, Shrestha S| title = Random amplification of polimorphic DNA analysis for genetic characterization of two breeds of dogs, German Shepherd and Japanese Spitz| journal = Nepal J Sci Technol | volume=13|issue=2|page=73-78|year=2012}}</ref> Molekul primer dapat berupa molekul DNA, [[RNA]], atau bahkan [[protein]] spesifik. <ref name = "Johsi et al"/> Biasanya, primer yang digunakan pada PCR adalah molekul DNA. <ref name = "Johsi et al"/> Sewaktu proses PCR, primer akan menempel pada urutan-urutan basa yang komplemen pada templat DNA. Pada akhir proses PCR akan terdapat sejumlah besar fragmen-fragmen pendek DNA hasil amplifikasi.<ref name = "Johsi et al"/> Apabila terdapat delesi untuk suatu lokasi templat, akan terjadi [[polimorfisme]]. <ref name = "Johsi et al"/> Dengan [[gel elektroforesis]], akan terlihat pita yang terputus-putus apabila terdapat polimorfisme. <ref name = "Johsi et al"/>
===Kesalahan Pada Primer===
Karena sekuens yang diamplifikasi tidak diketahui, primer yang digunakan pun didesain sesuai dengan keinginan. <ref name="Dhruve et al"/> Penyusunan primer ini dilakukan untuk kemudian mendapatkan sekuens yang diharapkan dapat menjadi penanda (''[[marker]]'') dalam suatu percobaan. <ref name="Dhruve et al"/> Namun, tidak selamanya pembuatan primer acak ini dapat membuahkan hasil. <ref name="Dhruve et al"/> Terkadang, primer yang memiliki jangkauan primer ''reverse'' dan ''forward'' yang besar tidak dapat di-PCR karena fragmennya terlalu besar.<ref name="Dhruve et al"/> Hal ini terjadi karena PCR tidak dapat mengamplifikasi fragmen yang terlalu panjang. <ref name="Dhruve et al"/>
Karena pembuatan primer dilakukan secara acak, tidak semua primer dapat menempel pada fragmen DNA. <ref name="Dhruve et al"/> Terkadang, primer tidak dapat menempel pada fragmen DNA yang di-PCR sehingga tidak dihasilkan produk PCR. <ref name="Dhruve et al"/> Hal inilah yang dapat dijadikan acuan untuk membedakan DNA suatu sampel dengan sampel lainnya. <ref name="Dhruve et al"/> Setelah proses amplifikasi dengan PCR dilakukan, DNA di ''running'' pada gel agarosa untuk melihat sekuens yang terbentuk dari primer yang dirancang. <ref name="Dhruve et al"/>
==Sampel==
Teknik RAPD ini hanya membutuhkan sampel dalam jumlah sedikit. <ref name="Dyke"> {{en}} {{cite book|author=Dyke F van| title = Conservation Biology: Foundations, Concepts, Applications| publisher = Springer Science + Business Media B V, Dordrecht| year=2008|}} </ref> Sampel-sampel yang sedikit ini dapat diambil dari rambut, bulu, sirip, ataupun sisik. <ref name="Dyke"/> Dalam hal mencari kekerabatan, sekuens DNA yang divisualisasi dengan gel agarosa akan menunjukkan keberadaan fragmen-fragmen tertentu yang dapat dijadikan penanda. <ref name="Dyke"/> Misalnya dalam suatu genus terdapat fragmen DNA yang sama dan dapat dijadikan penanda untuk melihat apakah dua atau lebih spesies berasal dari genus yang sama atau tidak. <ref name="Dyke"/> Namun, dapat pula ditemukan fragmen lain yang menjadi fragmen yang hanya dimiliki oleh suatu spesies.
==Referensi==
{{reflist}}
| |||