Gen reporter adalah [[gen]] yang digunakan sebagai indikator untuk membedakan [[organisme]] yang berhasil ditransformasi, dapat juga digunakan sebagai indikator keberhasilan [[kloning]].
Syarat gen reporter untuk dipilih yaitu harus menunjukkan fenotipe yang tidak ditunjukkan inang pada umumnya. Fenotipe yang ditunjukkan juga harus mudah dideteksi. Cara analisis gen ini dapat dilakukan dengan cara melihat ekspresi dan delesi dari gen tersebut.<ref name="Brown">[[gene cloning|[Brown TA. 2013. ''Gene Cloning and DNA Analysis: An Introduction''. Hoboken <nowiki>: John Wiley & Sons.]</nowiki>]]</ref> Contoh gen reporter adalah gfp, lacZ, dan cat. Mekanisme kerja dari gen lacZ adalah menghasilkan enzim β-galaktosidase, yang akan memecah laktosa dan X-gal. Koloni yang memecah X-gal akan berwarna biru, sehingga gen ini dapat digunakan untuk blue-white screening.<ref name=Muller & Oehler 2013>[Müller-Hill B, Oehler S. 2013. ''The Lac Operon: A Short History of a Genetic Paradigm''. Berlin : Walter De Gruyter.]</ref> Gen cat mengkodekan enzim Chloramphenicol Acetyl Transferase (CAT). Deteksi dapat dilakukan dengan memberikan substrat berupa kloramfenikol yang terikat fluorophore. Bila koloni tersebut dapat memecah substrat, akan timbul pendaran dari fluorophore yang terlepas.<ref name=Acton 2013>[Acton QA. 2013. ''Luminescent Proteins—Advances in Research and Application''. Atlanta : ScholarlyEditions.]</ref>
