Biologi sistem: Perbedaan antara revisi

Konten dihapus Konten ditambahkan
kTidak ada ringkasan suntingan
kTidak ada ringkasan suntingan
Baris 16:
[[COPASI]] adalah simulator model independen yang bekerja untuk ''file'' yang terkode dalam format SBML. COPASI mampu mensimulasikan model yang didasarkan pada ''[[Ordinary Differential Equation]]'' (ODESs) dan model stokastik mengunakan [[algoritma Gillespie]]. COPASI menyediakan perangkat untuk analisis visual data simulasi dan juga mampu menjalanankan analisis kontrol metabolisme pada keadaan steady state.<ref name="Likic"/><ref name="Sahle">Sahle S, Gauges R, Kummer U, Lee C, Mendes P, Tech V. 2006. [http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/22/24/3067.full Simulation of Biochemical Networks Using COPASI - A Complex Pathway Simulator]. Di dalam: Perrone LF, Wieland FP, Liu J, Lawson BG, Nicol DM, and Fujimoto RM. 2006. Proceedings of the 2006 Winter Simulation Conference: 1698-1706.</ref>
 
==Data Primerprimer Biologibiologi Molekularmolekular dan Aplikasinya==
Sampai saat ini, salah satu pencapaian pengembangan ilmu bioinformatika yang paling penting adalah tersusunnya basis data biologi molekuler skala besar. Basis data primer seperti GenBank atau Protein Data Bank sangat berkontribusi dalam membantu riset-riset dalam bidang biologi sistematik untuk berkembang .<ref name="Likic"/>. Salah satu bentuk aplikasinya dalam penelitian biologi sistematik adalah konstruksi jalur metabolik Ralstonia eutropha H16 untuk memahai jejaring metabolik sampai tingkat sistem dengan mengkombinasikan informasi dari basis data. literatur, dan eksperiimen .<ref name="Park Kim Lee">Park JM, Kim TY, Lee SY. 2011. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21711532] Park JM, Kim TY, Lee SY. 2011. Genome-scale reconstruction and in silico analysis of the Ralstonia eutropha H16 for polyhydroxyalkanoate synthesis, lithoautotrophic growth, and 2-methyl citric acid production]. ''BMC Syst. Biol.'' 5:101. </ref>.
 
==Referensi==