Pada umumnya, papeda dikonsumsi bersama dengan ikan tongkol.<ref name="Maluku">{{cite web|url=http://www.femina.co.id/kuliner/info.kuliner/papeda.maluku.bubur.lem.segar.bergizi/004/002/234|pubslisherpublisher=Femina|title=Papeda, Maluku: Bubur 'Lem' Segar Bergizi|accessdate=14 April 2014}}</ref> Namun demikian, papeda dapat juga dikombinasikan dengan [[ikan gabus]], [[kakap merah]], bubara, hingga ikan kue.<ref name="Maluku">{{cite web|url=http://www.femina.co.id/kuliner/info.kuliner/papeda.maluku.bubur.lem.segar.bergizi/004/002/234|pubslisherpublisher=Femina|title=Papeda, Maluku: Bubur 'Lem' Segar Bergizi|accessdate=14 April 2014}}</ref> Selain kuah kuning dan ikan, bubur papeda juga dapat dinikmati dengan sayur ganemo yang diolah dari daun [[melinjo]] muda yang ditumis dengan bunga pepaya muda dan [[cabai]] merah.<ref name="Maluku">{{cite web|url=http://www.femina.co.id/kuliner/info.kuliner/papeda.maluku.bubur.lem.segar.bergizi/004/002/234|pubslisherpublisher=Femina|title=Papeda, Maluku: Bubur 'Lem' Segar Bergizi|accessdate=14 April 2014}}</ref>