Suar molekuler: Perbedaan antara revisi

'''''Molecular beacon''''' adalah oligonukleotida berbentuk tangkai melingkar yang dilabel dengan fluorophore dan quencher.<ref name="Cheng & Zhang">Cheng L, Zhang DY. 2008. ''Molecular Genetic Pathology''. Totowa : Humana.</ref> Saat tidak ada gen target, tangkai akan menyatukan fluorophore dan [[quencher]] sehingga menghambat produksi sinyal [[fluoresensi]].<ref name="Espinosa & Bao">Espinosa HD, Bao G. 2013. ''Nano and Cell Mechanics: Fundamentals and Frontiers''. West Sussex: John Wiley & Sons.</ref> Saat probe molecular beacon berhibridisasi dengan sekuens gen target spesifik, tangkainya akan terpisah sehingga sinyal fluoresensi dapat dihasilkan oleh fluorophore.<ref name="Espinosa & Bao"/> Ikatan antara molecular beacon dan [[sekuens]] [[gen]] target bersifat sangat spesifik, dan hanya sekuens yang berpasangan sempurna dapat berhibridisasi dengan molecular beacon.<ref name="Liu">Liu D. 2010. ''Molecular Detection of Foodborne Pathogens''. Boca Raton : Taylor & Francis.</ref>

Terdiri dari empat bagian, yaitu ''[[fluorophore]]'', ''[[quencher]]'', sekuens ''probe'', dan sekuens tangkai<ref name="Goel et al."/>

Pengembangan pendekatan baru untuk mendeteksi sel kanker adalah hal penting dalam memberikan penanganan dini bagi penderita kanker.<ref name="Peng et al.">Peng XH, Cao ZH, Xia JT, Carlson GW, Lewis MM, Wood WC, Yang L. 2005. Real-time Detection of Gene Expression in Cancer Cells Using Molecular Beacon Imaging: New Strategies for Cancer Research. ''Cancer Res'' 65 : 1909 – 1917.</ref> Ekspresi gen yang abnormal merupakan ciri dari sel kanker.<ref name="Peng et al."/> Maka diperlukan senyawa yang dapat mengenali gen abnormal tersebut sehingga dapat diketahui keberadaan sel kanker.<ref name="Peng et al."/> Molecular beacon dapat digunakan untuk mengukur kuantitas mRNA.<ref name="Peng et al."/> Sangat penting untuk mengetahui kuantitas ekspresi gen karena banyak penanda atau marker dari sel kanker tidak bersifat unik dan juga ditemukan pada sel normal.<ref name="Peng et al."/> Sehingga cara untuk membedakan suatu sel normal atau tidak adalah dengan mengukur jumlah ekspresi gen.<ref name="Peng et al."/> Pada penelitian ini digunakan dua tipe molecular beacon untuk mendeteksi penanda ekspresi gen sel tumor, yaitu gen [[survivin]] dan [[cyclin D1]] pada sel [[kanker payudara]] manusia. <ref name="Peng et al."/>

Molecular beacon kontrol digunakan untuk mendeteksi gen [[gliseraldehida-3-fosfat dehidrogenase]] manusia.<ref name="Peng et al."/> Setelah molecular beacon dicampur dengan beragam [[DNA]] target, maka akan diinkubasi pada suhu 37 oC°C selama 60 menit.<ref name="Peng et al."/> Lalu intensitas fluoresensi diukur dengan fluorescence microplate reader.<ref name="Peng et al."/>

Deteksi dari mRNA penanda tumor yang berbeda dapat diketahui secara bersamaan dengan pelabelan fluorophore yang berbeda jenis, pada molecular beacon survivin dilabel dengan fluorophore hijau, dan pada cyclin D1 dilabel dengan fluorophore merah.<ref name="Peng et al."/> Pewarna untuk fluorophore hijau adalah FITC, sedangkan pewarna fluorophore merah adalah Texas Red.<ref name="Peng et al."/> Quencher yang digunakan adalah dabcyl.<ref name="Peng et al."/> Untuk kontrol digunakan molecular beacon untuk mendeteksi ekspresi [[gen GAPDH]].<ref name="Peng et al."/> Pada sel kelenjar susu yang normal, sinyal fluoresensi untuk kedua gen tersebut sangat rendah, sehingga probe untuk kedua gen ini dapat menjadi indikator dari keberadaan sel kanker payudara.<ref name="Peng et al."/> Hasil dari ekspresi sinyal fluoresensi berkorelasi dengan ekspresi gen survivin dan cyclin D1.<ref name="Peng et al."/>