</ref>
== Daftar kereta api yang melintasi Stasiun Cirebon Prujakan==
Kereta api yang berhenti di Stasiun Cirebon Prujakan:<ref name=kereta>Kereta eksekutif jalur selatan atau utara dan kereta api Gumarangekonomi tidak berhenti di stasiun Cirebon Prujakan melainkan berhenti di [[stasiun Cirebon|Cirebon Kejaksan]].</ref>
{| class="wikitable"
|-
|-
| 1
| [[Kereta api MajapahitArgo Bromo Anggrek|MajapahitArgo Bromo Anggrek]]
| [[Stasiun Pasar SenenGambir|Pasar SenenGaambir, Jakarta]] dan [[Stasiun Malang|MalangSurabaya Pasar Turi]]
|-
| 2
| [[Kereta api GajahArgo WongLawu|GajahArgo WongLawu]]
| rowspan="2"|[[Stasiun Pasar SenenGambir|Pasar SenenGambir, Jakarta]] dan [[Stasiun LempuyanganSolo Balapan]]
|-
| 3
| [[Kereta api MenorehArgo Dwipangga|MenorehArgo Dwipangga]]
| [[Stasiun Pasar Senen|Pasar Senen, Jakarta]] dan [[Stasiun Semarang Tawang]]
|-
| 4
| [[Kereta api BogowontoArgo Sindoro|BogowontoArgo Sindoro]]
| rowspan="2"|[[Stasiun Pasar SenenGambir|Pasar SenenGambir, Jakarta]] dan [[Stasiun Yogyakarta]] via [[StasiunSemarang KutoarjoTawang]]
|-
| 5
| [[Kereta api ProgoArgo Muria|ProgoArgo Muria]]
| [[Stasiun Pasar Senen|Pasar Senen, Jakarta]] dan [[Stasiun Lempuyangan]]
|-
| 6
| [[Kereta api GayaNew BaruArgo Malam SelatanJati|Gaya BaruNew MalamArgo SelatanJati]]
| [[Stasiun JakartaGambir|Gamir, Kota|Jakarta]] dan [[Stasiun SurabayaCirebon GubengPrujakan]]
|-
| 7
| [[Kereta api KertajayaGajayana|KertajayaGajayana]]
| rowspan="2"|[[Stasiun TanjungJakarta PriokKota|Tanjung Priok, Jakarta]] dan [[Stasiun Surabaya Pasar TuriMalang]]
|-
| 8
| [[Kereta api Tawang JayaBima|Tawang JayaBima]]
| [[Stasiun Jakarta Kota|Jakarta]] dan [[Stasiun Semarang Poncol]]
|-
| 9
| [[Kereta api MatarmajaSembrani|MatarmajaSembrani]]
| [[Stasiun PasarJakarta SenenKota|Pasar Senen, Jakarta]] dan [[Stasiun Malang|MalangSurabaya Pasar Turi]]
|-
| 10
| [[Kereta api Tegal ArumTaksaka|Tegal ArumTaksaka]]
| [[Stasiun Jakarta Kota|Jakarta]] dan [[Stasiun Tegal|TegalYogyakarta]]
|-
| 11
| [[Kereta api BrantasBangunkarta|BrantasBangunkarta]]
| [[Stasiun TanjungGambir|Gambir, PriokJakarta]] dan [[Stasiun Kediri|KediriSurabaya Gubeng]] via [[Pantura]] & [[Stasiun Jombang]]
|-
| 12
| [[Kereta api Kutojaya Utara|Kutojaya Utara]]
| [[Stasiun Pasar Senen|Pasar Senen, Jakarta]] dan [[Stasiun Kutoarjo|Kutoarjo]]
|}
|