Pada tahun 2014 [http://kandibundi.blogspot.com/search?updated-max=2014-08-09T15:40:00-07:00&max-results=3 Kampus Kedua UNIPA] diresmikan di Aimas Kabupaten Sorong oleh Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia pada tanggal 10 Mei 2014. Kampus Kedua yang memiliki lahan seluas 200 hektar ini dimulai pengembangannya dengan pendirian Fakultas Kedokteran dan pembukaan Program Studi Pendidikan Dokter yang telah dimulai kegiatan akademiknya pada tahun 2014/2015. Kampus Kedua ini lahir sebagai hasil kerjasama UNIPA dan Pemerintah Kabupaten Sorong. Saat ini Fakultas Kedokteran masih menggunakan Rumah Sakit Pemerintah Kabupaten Sorong yang berlokasi di Aimas sementara pembangunan gedung utama fakultas kedokteran telah dimulai sejak tahun anggaran 2013 di atas lahan seluas 200 ha di SP1 Kabupaten Sorong.
Saat ini sedang dikembangkan [http://kandibundi.blogspot.com/2014/08/persiapan-pembukaan-kampus-iii-unipa.html Kampus Ketiga UNIPA] di Waisai, Kabupaten Kepulauan Raja Ampat dengan konsentrasi Perikanan, Kelautan dan Pariwisata saat sedang dikembangkan oleh sebuah Tim Pengembangan Fakultas Perikanan, Kelautan dan Pariwisata yang dibentuk oleh Rektor UNIPA. Luas lahan Kampus ketiga UNIPA di Waisai adalah 20 hektar.
