Biologi sistem: Perbedaan antara revisi

 

== Perangkat lunak ==

 

[[Sistems Biology Workbench]] (SWB) adalah sebuah kerangka peranti lunak (''framework software'') yang berisi bermacam-macam ''tools'' biologi sistematik. ''Tools'' ini dapat berupa ''tools'' untuk membangun, menyunting, dan melihat jejaring biokimia, ''tools'' untuk simulasi, dan ''tools'' untuk melakukan impor terjemaham dari hasil pemodelan. Peranti lunak ini dapat dipakai untuk menerjemahkan satu komponen biologi sistematik ke komponen lainnya. Dengan adanya perangkat ini, ilmuwan tidak perlu lagi menggunakan berbagai peranti lunak untuk pemodelan, analisis, visualiasi, dan analisis data biologi sistematik.<ref name="Likic"/><ref name'"Sauro">Sauro HM, Hucka M, Finney A, Wellock C, Bolouri H, Doyle J, Kitano H. 2003. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/14683609 Next generation simulation tools: the Systems Biology Workbench and BioSPICE integration]. OMICS 7:355–72. </ref>

 

[[CellDesigner]] adalah program berbasis [[Java]] yang dapat dipakai untuk membangun dan menyunting jejaring biokimia. Versi CellDesigner terkini telah memperbolehkan melakukan ''import'' model dalam format SBML dan mendukung penampilan jejaring biokimia yang didasarkan oleh bahasa diagram proses yang didefinisikan oleh SBGN. Dengan CellDesigner, model dapat dismulasikan dengan tools simulator yang tersedia, atau dengan ''tools'' simulator eksternal, seperti yang disediakan oleh SWB.<ref name="Likic"/><ref name'"Funahashi">Funahashi A, Morohashi M, Kitano H, Kitano H, Tanimura N, Kitano H, Kitano H, Morohashi M. 2003. [http://openwetware.org/images/c/c0/Funahashi.pdf CellDesigner : a process diagram editor for gene-regulatory and biochemical network]. ''Biosilico'' 1:159–162.</ref>

 

[[COPASI]] adalah simulator model independen yang bekerja untuk ''file'' yang terkode dalam format SBML. COPASI mampu mensimulasikan model yang didasarkan pada ''[[Ordinary Differential Equation]]'' (ODESs) dan model stokastik mengunakan [[algoritma Gillespie]]. COPASI menyediakan perangkat untuk analisis visual data simulasi dan juga mampu menjalanankan analisis kontrol metabolisme pada keadaan steady state.<ref name="Likic"/><ref name="Sahle">Sahle S, Gauges R, Kummer U, Lee C, Mendes P, Tech V. 2006. [http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/22/24/3067.full Simulation of Biochemical Networks Using COPASI - A Complex Pathway Simulator]. Di dalam: Perrone LF, Wieland FP, Liu J, Lawson BG, Nicol DM, and Fujimoto RM. 2006. Proceedings of the 2006 Winter Simulation Conference: 1698-1706.</ref>

 

Sampai saat ini, salah satu pencapaian pengembangan ilmu bioinformatika yang paling penting adalah tersusunnya basis data biologi molekuler skala besar. Basis data primer seperti GenBank atau Protein Data Bank sangat berkontribusi dalam membantu riset-riset dalam bidang biologi sistematik untuk berkembang.<ref name="Likic"/> Salah satu bentuk aplikasinya dalam penelitian biologi sistematik adalah konstruksi jalur metabolik [[Ralstonia eutropha]] H16 untuk memahai jejaring metabolik sampai tingkat sistem dengan mengkombinasikan informasi dari basis data. literatur, dan eksperiimen.<ref name="Park Kim Lee">Park JM, Kim TY, Lee SY. 2011. [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21711532 Genome-scale reconstruction and in silico analysis of the Ralstonia eutropha H16 for polyhydroxyalkanoate synthesis, lithoautotrophic growth, and 2-methyl citric acid production]. ''BMC Syst. Biol.'' 5:101. </ref>

 

{{Reflist}}