Sebuah rekonstruksi sejati orgel tua karya [[Gottfried Silbermann]] dari tahun [[1736]] dengan 43 ''register'' dan 3 ''manual'' tidaklah mungkin, karena orgel lama ini dalam kurun waktu lama ini telah dimodifikasi selama tujuh kali dan kemudian pada tahun 1945 hancur total dan cetakan biru orgel ini tidak ada. Sebuah pembangunan ulang sebuah orgel Silbermann yang masih ada dianggap kurang berguna karena akustik ruang gereja dengan ini harus disesuaikan lagi.
Ein Nachbau noch existierender [[Silbermann-Orgel]]n war nicht sinnvoll, weil sie der jeweiligen Akustik der Kirchinnenräume angepasst wurden. Daher kam man zu folgender Lösung: Nach Bild- und Fotovorlagen wird die Orgelempore dem zerstörten Original nachempfunden, so, wie die Restauratoren auch mit dem restlichen Kirchinnenraum verfahren waren. Die drei ursprünglichen Manuale wurden den überlieferten Klängen der einzelnen Orgelpfeifen entsprechend rekonstruiert. Hinzu kam ein viertes Manual, das wahlweise hinzugeschaltet werden kann und in der Lage ist, „moderne“ Musik zu spielen. Damit ist Orgelliteratur gemeint, die von neuen [[Register]]n – also Klängen einzelner Orgelpfeifen – Gebrauch macht, die sich im 19. und 20. Jahrhundert entwickelt haben, insbesondere auf Grund der deutsch-romantischen und französisch-romantischen Orgeltradition. Solche Orgelmusik wäre mit den alten, ursprünglichen Silbermann-Orgelregistern nicht spielbar gewesen. Das führte zu dem Missverständnis, für die Frauenkirche sei eine moderne Orgel geplant, in der Folgezeit besser bekannt als „Orgelstreit“. Da die Ausschreibung für den Orgelbau lief, war es der „Stiftung für den Wiederaufbau der Frauenkirche“ rechtlich nicht gestattet, sich zum Orgelbau zu äußern. Folglich konnten auch falsche Presseberichte nicht berichtigt werden. Mit der Auftragsvergabe an die [[Straßburg]]er [http://www.kernpipeorgan.com/deutsch/uber%20uns.htm Orgelmanufaktur Daniel Kern] wurde der Orgelstreit beendet. Die neue Orgel hat 67 Register und 4 Manuale und wurde im September 2005 fertig gestellt.
