Fachruddin lahir di [[Pakualaman]], [[Yogyakarta]] pada tanggal [[14 Februari]] [[1916]]. Ayahnya adalah K.H. Fachruddin adalah seorang lurah naib atau [[penghulu]] di Puro Pakualaman yang diangkat oleh kakek Sri Paduka Paku Alam VIII, berasal dari [[Kulonprogo]]. Sementara ibunya adalah Maimunah binti K.H. Idris, Pakualaman. Ia belajar di sekolah-sekolah Muhammadiyah. Pada tahun [[1923]], untuk pertama kalinya A.R. Fachruddin bersekolah formal di Standaard School Muhammadiyah Bausasran. Setelah ayahnya tidak lagi menjadi penghulu dan usaha dagang [[batik]]nya juga jatuh, maka ia pulang ke Bleberan. Pada tahun [[1925]], ia pindah ke Sekolah Dasar Muhammadiyah Kotagede dan setamat dari sana tahun [[1928]], ia masuk ke [[Madrasah Muallimin Muhammadiyah Yogyakarta]]. Setelah belajar di [[Muallimin]], dia pulang untuk belajar kepada beberapa kiai seperti K.H. Fachruddin, ayahnya sendiri.<ref name="Muhammadiyah" /><ref name="Mohammad2006" />
