[[Berkas:Flag of South Africa.svg|jmpl|Bendera Afrika Selatan selepas 1994.]]
Terlepas dari asal-usul bendera dan penerapan sebelum Partai Nasional menapaki panggung kekuasaan, bendera ini mulai dilambangkandikaitkan dengan pemerintahan [[aparteid]]. Gerakan seperti [[Black Sash]]<ref>{{cite web|url=http://www.photius.com/countries/south_africa/society/south_africa_society_women_and_apartheid.html |title=South Africa Women and Apartheid |publisher=Photius.com |date= |accessdate=9 Maret 2016}}</ref> dan [[Umkhonto we Sizwe]]<ref name=prot /> mulai menentang penggunaan bendera ini dengan simbol-simbol mereka sendiri. Seringkali Bendera Afrika Selatan akan diturunkan dari tiang bendera di tempat umum dan digantikan dengan Bendera [[Kongres Nasional Afrika]] (African National Congress, ANC) yang dilarang.<ref name=prot>{{cite book | first =Gail | last =Gerhart | title =From Protest to Challenge: A Documentary History of African Politics in South Africa, 1882-1990.| publisher = Indiana University Press | edition = | year = 2010 | isbn = 0253354226 | page = 516}}</ref> Bendera ini juga dijadikan benda yang dibakar dalam banyak demonstrasi anti-aparteid.<ref>{{cite web|first=Craig |last=Jungwirth|url=http://tech.mit.edu/V105/N15/rally.15n.html|title=Police arrest nine in protest march |publisher=The Tech|date=5 April 1985 |accessdate=10 Mei 2016}}</ref><ref>{{cite web|url=https://www.gettyimages.com/detail/news-photo/african-national-congress-supporters-set-a-south-african-news-photo/167948014#african-national-congress-supporters-set-a-south-african-flag-on-fire-picture-id167948014|title=African National Congress (ANC) supporters set a South African flag on fire 14 April 1993 during a commemoration service for South African Communist Party (SACP) chief Chris Hani|publisher=}}</ref>
Setelah 1989, [[Frederik Willem de Klerk]] terpilih menjadi presiden dan segera mencabut larangan terhadap ANC dan membebaskan pemimpinnya [[Nelson Mandela]] dari penjara. Frederik memulai [[perundingan untuk mengakhiri aparteid di Afrika Selatan]] bersama ANC. Satu di antara permintaan ANC adalah bahwa penggunaan bendera ini berangsur-angsur menurun dan bahwa bendera baru sudah diciptakan, karena rakyat Afrika Selatan berkulit hitam mengaitkan bendera baru itu dengan aparteid dan [[nasionalisme Afrikaner]].<ref>{{cite book | first =Sakhela | last =Buhlungu | title =State of the Nation: South Africa 2007| publisher = A&C Black | edition = | year = 1997 | isbn = 0718500725 | page = 414}}</ref>
