Plasmid: Perbedaan antara revisi

'''Plasmid''' adalah [[DNA]] [[ekstrakromosomal]] yang dapat bereplikasi secara [[autonom]] dan bisa ditemukan pada sel hidup<ref name="r"/>. Di dalam satu sel, dapat ditemukan lebih dari satu plasmid dengan ukuran yang sangat bervariasi namun semua plasmid tidak mengkodekan fungsi yang penting untuk pertumbuhan sel tersebut<ref name="r"/>. Umumnya, plasmid menyandi gen-gen yang diperlukan agar dapat bertahan pada keadaan yang kurang menguntungkan sehingga bila lingkungan kembali normal, DNA plasmid dapat dibuang.<ref name="r">{{en}} {{cite journal

Penggunaan awal istilah "plasmid" mencakup materi genetik apa pun yang ada secara ekstrakromosomal setidaknya untuk sebagian dari siklus replikasi, termasuk materi genetik virus. Tetapi, gagasan plasmid disempurnakan dari waktu ke waktu untuk terdiri atas unsur-unsur genetik yang bereproduksi secara otonom. Kemudian pada tahun 1968, diputuskan definisi tersebut dipersempit menjadi elemen genetik yang ada secara eksklusif atau dominan di luar kromosom dan dapat direplikasi secara mandiri.<ref name =hayes>Hayes F, Chapter 1 - The function and organization of plasmids. In{{Cite book|url=https://www.worldcat.org/oclc/51305670|title=E. coli plasmid vectors : methods and applications|last=Nicola.|first=Casali,|last2=1969-|first2=Preston, Andrew,|date=2003|publisher=Humana Press|isbn=1588291510|location=Totowa, N.J.|oclc=51305670}}</ref> Tidak beberapa lama setelah itu, plasmid terbukti merupakan DNA ekstrakromosomal yang menyebabkan [[resistensi antibiotik]] pada golongan [[bakteri]] enterik dan dapat ditransmisikan antarsel. Sejak saat itu, beberapa laboratorium mulai membuat plasmid yang dapat ditransfer ke sel hidup, seperti sel bakteri dan tanaman.<ref name="a">{{en}} {{cite book|last= Gregory Phillips G, Funnell BE|first=|authorlink=|coauthors=|title= Plasmid biology|year= 2004|publisher= ASM Press|location= Washington|id= ISBN 978-1-55581-265-2}}Hal.1-6</ref>

Pada awalnya penamaan plasmid didasarkan pada sifat [[fenotipe]] yang disandikan oleh DNA plasmid tersebut. Contohnya [[plasmid ColE1]] yang berasal dari ''E. coli'' dapat menyandikan ''[[bakteriocin colicin]]''. Banyaknya laboratorium ataupun institusi yang membuat plasmid [[kloning]] membuat sistem penamaan tersebut berubah. Untuk standardisasi penulisan plasmid, digunakan huruf "p" yang diikuti oleh inisial huruf kapital dan angka. Huruf kapital diambil dari nama [[institusi]] atau [[laboratorium]] tempat plasmid tersebut berasal ataupun dari nama penemu plasmid tersebut. Sedangkan, angka yang ada merupakan kode antara dua laboratorium tempat plasmid tersebut dibuat. Contohnya: [[pBR322]], "p" menyatakan plasmid, BR merupakan [[laboratorium]] tempat plasmid tersebut pertama kali dikonstruksi (BR dari [[Bolivar]] dan [[Rodriguez]], perancang plasmid tersebut), sedangkan 322 menyatakan di laboratorium mana plasmid ini dibuat, banyak pBR lainnya seperti pBR325, pBR327, dan lain-lain.<ref name="p">{{en}} {{cite book|title=Route maps in gene technology|last=|first=Matthew R. Walker, Ralph Rapley|publisher=Wiley-Blackwell|year=1997|location=|id=ISBN 978-0-632-03792-6|authorlink=|coauthors=}}Hal.176-177</ref>

Sebagian besar plasmid memiliki struktur sirkuler, tetapi ada juga plasmid linear yang dapat ditemukan pada [[mikroorganisme]] tertentu, seperti ''[[Borrelia burgdorferi]]'' dan ''[[Streptomyces]]''.<ref>{{en}} {{cite journal|author=Hinnebusch J, Barbour AG|year=1991|title=Linear plasmids of Borrelia burgdorferi have a telomeric structure and sequence similar to those of a eukaryotic virus.|url=http://jb.asm.org/cgi/reprint/173/22/7233.pdf|format=|journal=J Bacteriol|volume=173|issue=22|pages=7233-7239|doi=|id=|accessdate=|month=November}}

</ref> Plasmid ditemukan dalam bentuk [[DNA]] utas ganda yang sebagian besar tersusun menjadi [[superkoil]] atau kumparan terpilin.<ref name="x">{{en}} {{cite book|title=Gene Cloning and DNA Analysis: An Introduction|last=Brown|first=Terry A.|publisher=Wiley-Blackwell|year=2010|location=|id=ISBN 978-1-4051-8173-0|authorlink=|coauthors=}}Hal. 35-36</ref> Struktur superkoil terjadi karena [[enzim]] [[topoisomerase]] membuat sebagian DNA utas ganda lepas (tidak terikat) selama [[replikasi]] plasmid berlangsung.<ref name="x" /> Struktur superkoil akan menyebabkan DNA plasmid berada dalam konformasi yang disebut lingkaran tertutup kovalen atau ''covalently closed circular'' (ccc), tetapi apabila kedua utas DNA terlepas maka akan plasmid akan kembali dalam keadaan normal (tidak terpilin) dan konformasi tersebut disebut sebagai ''open circuler'' (oc).<ref name="x" />

Dewasa ini, plasmid telah diproduksi secara komersil oleh sejumlah perusahaan untuk digunakan sebagai [[Vektor kloning|vektor kloning.]]Agar dapat digunakan sebagai [[vektor kloning]], plasmid harus memiliki beberapa kriteria, yaitu berukuran kecil, relatif memiliki jumlah salinan yang tinggi (''high copy number''), memiliki [[gen penanda seleksi]] dan [[gen pelapor]], serta memiliki situs pemotongan [[enzim restriksi]] untuk memudahkan penyisipan DNA ke dalam vektor plasmid<ref name="q">{{en}} {{cite book|last=|first= Harvey Lodish, Arnold Berk, Chris A. Kaiser, and Monty Krieger|authorlink=|coauthors=|title= Molecular Cell Biology|year= 2007|publisher= W. H. Freeman|location=|id= ISBN 978-0-7167-7601-7 }}</ref>.