Murray menikah ketika ia sementara kuliah di Universitas Harvard. Istrinya bernama Josephine Rantoul.{{Sfn|Kelland|2022|p=8.4.1}} Pernikahan ini diadakan pada tahun 1916.<ref name=":9" /> Murray juga mulai menjalin hubungan dengan Christiana Morgan. Awalnya Morgan dan Murray merupakan rekan dalam bidang psikologi dan spiritual. Mereka bertemu pada saat Murray memperoleh gelar [[Doktor Filsafat]] dari Universitas Harvard. Murray menjadi kekasih Morgan pada musim panas tahun 1925 ketika sedang melakukan perjalanan ke Swiss untuk menemui Carl Jung.{{Sfn|Pickren dan Rutherford|2010|p=167}}
Istri Murray wafattidak enammenikahi bulanMorgan bahkan setelah Murrayistrinya Murraywafat pensiunpada daritahun Universitas1962. Harvard padaPada tahun 19621967, Morgan pun meninggal ketika sedang berlibur di [[Hindia Barat]] bersama Murray.{{Sfn|Runyan|1994|p=703}} IaPada kemudiantahun 1969, Murray melakukan pernikahan kedua bersama dengan Caroline MurrayChandler Fish.<ref name{{Sfn|Runyan|1994|p=":9" />703}} Murray memiliki seorang putri dari pernikahannya dengan istri pertamanya. Putrinya ini bernama Josephine Lee Murray. DariSedangkan dari pernikahan keduanya, Murray memiliki lima anak tiri dengan empat putri dan satuseorang putra. Putri tirinya yaitu Caroline Janover, Ann MacLaughlin, Maude Fish, dan Quita Palmer. Sedangkan putra tirinya bernama Alexander Davis.<ref name=":8" />
