26 Episode dari animenya tidak memberi akhir yang tuntas, dan ending sebenarnya dari Evangelion tertuang pada versi movie dari anime EVA, yakni End of Evangelion.
End of Evangelion menceritakan usaha SEELE menguasai EVA-01 dan EVA-02 dansebagai Adamfaktor penting dalam Human Instrumentally Project, mulai dari meng-hack sistem MAGI, pengerahan tentara JSSDF, hingga menggunakan seluruh EVA yang SEELE miliki (EVA05-13). OVA ini juga menjelaskan mengenai apa sebenarnya tujuan sebenarnya SEELE mendirikan NERV, pembuatan EVA-series dan apa itu EVA; apa yang disebut sebagai Human Instrumentally Project; fungsi dari penciptaan Rei dan keberadaan Kaworu; third-impact dan apa yang dapat memicunya; dan, walaupun tidak secara eksplisit, tujuan Angel (hanya) menyerang Tokyo-3.
