Pada tanggal 24 Juni 2024, Zúñiga mengumumkan bahwa [[Angkatan Bersenjata Bolivia]] akan menangkap mantan Presiden [[Evo Morales]] jika ia mencalonkan diri sebagai kandidat pada pemilihan[[Pemilihan presidenUmum berikutnyaBolivia pada2025|pemilihan presiden tahun 2025]] berikutnya.<ref>{{Cite web |date=26 June 2024 |title=Bolivia: quién es Juan José Zúñiga, el General que desafió el orden constitucional {{!}} Intento de golpe de Estado |url=https://www.pagina12.com.ar/747512-bolivia-quien-es-juan-jose-zuniga-el-general-que-desafio-el- |access-date=26 JuneJuni 2024 |website=PAGINA12 |language=es |archive-date=27 JuneJuni 2024 |archive-url=https://web.archive.org/web/20240627000127/https://www.pagina12.com.ar/747512-bolivia-quien-es-juan-jose-zuniga-el-general-que-desafio-el- |url-status=live}}</ref> Dalam ancaman yang ditujukan terhadap Morales, ia menggambarkan mantan presiden tersebut sebagai "pengkhianat" dan menuduhnya merencanakan revolusi melawan pemerintahan saat ini, sambil menyatakan bahwa [[Konstitusi Bolivia]] akan mencegah Morales kembali berkuasa.<ref name="elpais">{{Cite web |title=El comandante del Ejército de Bolivia fue destituido tras amenazar a Evo Morales: "No puede ser más presidente de este país" |url=https://elpais.com/america/2024-06-26/el-comandante-del-ejercito-de-bolivia-fue-destituido-tras-amenazar-a-evo-morales-no-puede-ser-mas-presidente-de-este-pais.html |access-date=25 JuneJuni 2024 |website=El País |language=es |archive-date=26 JuneJuni 2024 |archive-url=https://web.archive.org/web/20240626152231/https://elpais.com/america/2024-06-26/el-comandante-del-ejercito-de-bolivia-fue-destituido-tras-amenazar-a-evo-morales-no-puede-ser-mas-presidente-de-este-pais.html |url-status=live}}</ref><ref name=":0">{{Cite news |title=Reportan que el comandante del Ejército, Juan José Zúñiga, fue relevado de su cargo, tras polémicas declaraciones |url=https://www.vision360.bo/noticias/2024/06/25/6984-reportan-que-el-comandante-del-ejercito-juan-jose-zuniga-fue-relevado-de-su-cargo-tras-polemicas-declaraciones |access-date=26 JuneJuni 2024 |language=es-BO |archive-date=26 JuneJuni 2024 |archive-url=https://web.archive.org/web/20240626030639/https://www.vision360.bo/noticias/2024/06/25/6984-reportan-que-el-comandante-del-ejercito-juan-jose-zuniga-fue-relevado-de-su-cargo-tras-polemicas-declaraciones |url-status=live}}</ref> Setelah pernyataanproklamasi Zúñiga, ia dicopot dari jabatannya sebagai komandanpanglima jenderal pada tanggal 25 Juni 2024.<ref name="elpais" /><ref name=":0" /> Sebelum peristiwa ini, Zúñiga dituduh oleh Morales sebagai komandan organisasi militer Pachajcho, diduga berencana untuk menyingkirkan mantan presiden tersebut sebagai bagian dari "rencana hitam" terhadap para pemimpin produksi koka dan lawan politik.<ref name="elpais" /><ref name="milenio">{{cite news|url=https://www.milenio.com/internacional/quien-es-juan-jose-zuniga-comandante-del-ejercito-de-bolivia|title=Él es Juan José Zúñiga, general del Ejército de Bolivia que estaría detrás de intento de golpe de Estado|work=milenio.com}}</ref><ref name="timesnownews">{{Cite news |date=27 June 2024 |title=Juan José Zúñiga: Meet The Mastermind Of Bolivia Coup |url=https://www.timesnownews.com/world/juan-jose-zuniga-meet-the-mastermind-of-bolivia-coup-article-111295525 |access-date=26 June 2024 |language=en |archive-date=27 June 2024 |archive-url=https://web.archive.org/web/20240627000132/https://www.timesnownews.com/world/juan-jose-zuniga-meet-the-mastermind-of-bolivia-coup-article-111295525 |url-status=live }}</ref>
Sebelum kejadian ini, Zúñiga dituduh oleh Morales sebagai komandan organisasi militer [[Pachajcho]], diduga berencana untuk melenyapkan mantan presiden tersebut sebagai bagian dari "rencana hitam" terhadap para pemimpin produksi [[coca]] dan lawan politik.<ref name="elpais" /><ref name="milenio">{{Cite news |title=Él es Juan José Zúñiga, general del Ejército de Bolivia que estaría detrás de intento de golpe de Estado |url=https://www.milenio.com/internacional/quien-es-juan-jose-zuniga-comandante-del-ejercito-de-bolivia |work=milenio.com |language=es}}</ref><ref name="timesnownews">{{Cite news |date=27 Juni 2024 |title=Juan José Zúñiga: Meet The Mastermind Of Bolivia Coup |url=https://www.timesnownews.com/world/juan-jose-zuniga-meet-the-mastermind-of-bolivia-coup-article-111295525 |access-date=26 Juni 2024 |language=en |archive-date=27 Juni 2024 |archive-url=https://web.archive.org/web/20240627000132/https://www.timesnownews.com/world/juan-jose-zuniga-meet-the-mastermind-of-bolivia-coup-article-111295525 |url-status=live}}</ref>
Ia dilaporkan menjadi pemimpin utama di balik [[Upaya kudeta Bolivia 2024|upaya kudeta Bolivia tahun 2024]].<ref>{{Cite web |last=Vock |first=Ido |title=Bolivia: Soldiers storm presidential palace in apparent coup attempt |url=https://www.bbc.com/news/articles/c288eewr1wko |access-date=26 June 2024 |website=BBC |language=en-GB |archive-date=27 June 2024 |archive-url=https://web.archive.org/web/20240627000701/https://www.bbc.com/news/articles/c288eewr1wko |url-status=live }}</ref> Presiden Luis Arce meminta Zúñiga untuk mendemobilisasi tentara yang telah mengambil alih alun-alun utama [[La Paz, Bolivia|La Paz]].<ref>{{cite web |title=Bolivia president Arce orders general to call off military action |url=https://www.reuters.com/world/americas/bolivia-president-arce-orders-general-call-off-military-action-2024-06-26/ |website=Reuters |date=26 June 2024 |access-date=26 June 2024 |agency=Reuters}}</ref>
