[[Kota Manokwari]] merupakan ibukota kabupaten [[Kabupaten Manokwari]] yang akan dinaikkan menjadi kotamadya. Kecamatan yang mungkin bergabung ke dalam kota ini yaitu:
# [[Manokwari Barat, Manokwari|Manokwari Barat]] (Calon Ibukota)
# [[Manokwari Selatan, Manokwari|Manokwari Selatan]]