Pada [[3 Maret]] [[2003]], menjelang invasi AS ke [[Irak]], [[New York Stock Exchange]] melarang Al Jazeera (dan juga beberapa organisasi berita lainnya yang tidak disebutkan) dari pemberitaan dengan menggunakan alasan resmi karena "masalah keamanan".<ref name=NYSECens>{{cite news|title=Metro Matters; Censorship Is Patriotism To Big Board|work=The New York Times|accessdate=25 January 2010|url=http://www.nytimes.com/2003/03/27/nyregion/metro-matters-censorship-is-patriotism-to-big-board.html?pagewanted=1|first=Joyce|last=Purnick|date=27 March 2003}}</ref> Langkah ini kemudian juga diikuti oleh para pejabat pasar bursa [[Nasdaq]].
Pada [[8 April]] [[2003]], kantor Al Jazeera di [[Baghdad]] diserang oleh tentara AS, yang menewaskan reporter [[Tareq Ayyoub]] dan melukai seorang lainnya, meskipun sebelumnya AS telah menerima informasi tentang lokasi kantor tersebut. Hal ini juga pernah terjadi sebelumnya, yaitu pada [[13 November]] [[2001]], ketika AS meluncurkan serangan roket ke kantor Al Jazeera di [[Kabul]] pada saat invasi AS ke [[Afganistan]], yang juga setelah AS menerima informasi tentang lokasi kantor tersebut. Awak kamera Al Jazeera, [[Sami Al-Haj]], yang berwarganegara [[Sudan]], juga ditahan oleh tentara AS pada awal tahun 2002 di [[Teluk Guantanamo]], [[Kuba]]. Pada [[23 November]] [[2005]], pengacara Sami Al-Haj yang bernama [[Clive Stafford-Smith]] melaporkan bahwa dalam lebih dari seratus interogasi yang dialami Sami, petugas AS selalu menanyakan apakah Al Jazeera merupakan corong [[al-Qaeda]]. Alasan penahanan Sami hingga kini tidak diketahui, meski pernyataan dari petugas AS selalu menyebutkannya sebagai ancaman keamanan.
