Pada tahun 21002001, anak-anak telah menjadi penyelam Web dan mereka megupload kesadaran diri mereka ke jaringan komputer global. Mereka bermain di sebuah taman maya yang disebut Gerbang Magical. Suatu hari, virus komputer misterius muncul dan mulai menghancurkan Gerbang Magical. Program yang disebut Web Knights diciptakan untuk melindungi anak-anak dari virus akan tetapi virus berubah semua Web Knights menjadi jahat terhadap anak-anak. Satu-satunya Web Knight yang lolos dari virus dan melarikan diri adalah cuma Gladion. Gladion mencari bantuan kepada Kento Yuki, seorang WebDiver yang duduk di kelas empat SD. Mampukah Gladion dan Kento melindungi Gerbang Magical dari virus.
