Diệm lahir pada 1901 di [[Quảng Bình]], sebuah provinsi [[tengah Vietnam]]. Keluarganya berasal dari distrik Phú Cam, yang awalnya merupakan sebuah distrik Katolik di kota [[Huế]]. Klannya merupakan salah satu dari pramgorang-orang yang berpindah ke agama Katolik terawal di Vietnam pada abad ke-17.<ref>Fall, Bernard B. (1963). ''The Two Viet-Nams.'' Praeger Publishers., p.235.</ref> Diệm diberi nama santo pada saat lahir, Gioan Baotixita (sebuah bentuk yang di-Vietnamisasi-kan dari Jean Baptiste), mengikuti kebiasaan Gereja Katolik.<ref>Miller, p.19.</ref> Keluarga Ngô-Đình, bersama dengan umat Katolik Vietnam lainnya, selamat dari penganiayaan anti-Katolik dari Kaisar [[Minh Mạng]] dan [[Tự Đức]]. Pada 1880, ketika ayah Diệm, [[Ngô Đình Khả]] (1850-1925), belajar di Malaya, sebuah kerusuhan anti-Katolik yang dipimpin oleh para biksu Buddha hampir membersihkan seluruh keluarga Ngô-Đình. Lebih dari seratus klan Ngô dikubur hidup-hidup di sebuah gereja termasuk orangtua, saudara dan saudari Khả.<ref>Jacobs, Seth (2006). ''Cold War Mandarin: Ngo Dinh Diem and the Origins of America's War
in Vietnam, 1950–1963''. Lanham, Maryland: Rowman & Littlefield, p.18.</ref>
