Pada saat kecil, [[Nagato Uzumaki#Nagato|Nagato]] hidup di [[Kirigakure#Amegakure|Amegakure]] sebagai warga biasa bersama kedua orang tuanya, yaitu Ise dan Fuso. Ketika [[Kirigakure#Amegakure|Amegakure]] dilanda perang, Nagato dan orang tuanya yg sedang bersembunyi dari 2 ninja Konoha. Ketika kedua orangtua Nagato meninggal karena 2 ninja Konoha tersebut yg dianggap musuh, Nagato mengamuk dan membunuh 2 ninja Konoha tersebut dg Rinnegan. Setelah kematian orangtuanya, dia mengemis di [[Kirigakure#Amegakure|Amegakure]] dan menemukan anjing yg ia beri nama Chibi. Nagato dan Chibi hampir mati karena kelaparan dan akhirnya dia ditolong oleh seorang anak perempuan yg bernama [[Pein#Konan|Konan]]. Lalu [[Pein#Konan|Konan]] membawa Nagato ke tempat Yahiko, teman Konan. Yahiko dan Konan sama-sama yatim piatu [[Kirigakure#Amegakure|Amegakure]] sama seperti Nagato. Karena desa dilanda perang, mereka terpaksa mencari makanan dg mencuri. Lalu ketika pemimpin [[Kirigakure#Amegakure|Amegakure]], [[Hanzou]] bertarung melawan [[Jiraiya]], [[Tsunade]] dan [[Orochimaru]] yg disaksikan oleh mereka bertiga. Karena pertarungan itu, Chibi harus mati karena terkena serangan dari pertarungan tersebut. Kemudian Yahiko meminta [[Jiraiya]] untuk mengajarkan mereka [[Ninjutsu]].
