Timbuktu didirikan oleh suku [[Tuareg]] pada awal abad ke-10. Menurut etimologi populer, namanya dibuat dari ''tin'' dimanadi mana berarti ''tempat'' dan ''buktu'', nama dari wanita tua Mali yang diketahui karena kelurusan hatinya dan yang suatu hari tinggal di daerah itu. [[Tuareg]] dan pengelana lainnya mempercayakan wanita ini barang yang mereka tidak digunakan saat kembali dari kunjungannya ke utara. Hingga, saat Tuareg kembali ke rumahnya, ia ditanya dimanadi mana ia meninggalkan barangnya, lalu ia menjawab: ''Saya meninggalkannya di Tin Buktu'', Tin Buktu berarti tempat dimanadi mana seorang wanita yang bernama [[Buktu]] tinggal. 2 hubungan ini akhirnya bergabung menjadi 1 kata, dan memberikan kota ini nama ''Tinbuktu'' yang nantinya menjadi ''Timbuktu''. Namun, orang Perancis yang bernama René Basset memberikan teori yang lebih masuk akal: pada bahasa Berber, "''buqt''" berarti ""sangat jauh", karena itu, "Tin-Buqt(u)" berarti tempat yang merupakan ujung dunia, karena itu orang menggambarkan dirinya pergi ke ujung dunia dengan pergi ke Timbuktu.
Cerita tentang kekayaan Timbuktu membuat adanya eksplorasi orang [[Eropa]] di pantai barat Afrika. [[Leo Africanus]], [[Ibn Battuta]] dan [[Shabeni]] mendeskripsikan tentang Timbuktu.
Timbuktu juga dikatakan berasal dari nama wanita Tuareg bernama Buktu yang menggali sumur di daerah ini dimanadi mana kota ini berdiri, dimanadi mana berarti "sumur Buktu".
