Pada konser bersama AKB48 dan grup-grup saudarinya ''Gyoumu Renraku Tanomu zo, Katayama Buchou! in Saitama Super Arena'' 24 Maret 2012, diumumkan penugasan Matsui sebagai anggota sementara Tim K AKB48 merangkap anggota SKE48. Pada kesempatan yang sama juga diumumkan penugasan [[Miyuki Watanabe]] sebagai anggota sementara Tim B AKB48 merangkap anggota NMB48.<ref>{{cite web |url=http://ameblo.jp/akihabara48/entry-11202594506.html |title=ご報告 |author= |date=2012-03-24 |work= |publisher=AKB48 TOKYO DOME までの軌跡 |accessdate=2012-06-23}}</ref>
Matsui tidak hadir pada acara bersalaman SKE48 yang diadakan di Osaka, 1 April 2012.<ref>{{cite news|title=松井珠理奈、握手会を体調不良で欠席|author=|url=http://www.sanspo.com/geino/news/20120403/akb12040305060000-n1.html|newspaper=Sanspo|date=2012-4-3|accessdate=2012-06-24|archiveurl=https://archive.is/x8xc|archivedate=2012-09-09}}</ref> Beberapa hari kemudian pada 4 April 2012 diumumkan bahwa Matsui jatuh sakit dan perlu dirawat di rumah sakit karena "pusing kepala disebabkan [[anemia]], ditambah terlalu lelah".<ref>{{cite news|title=ＳＫＥ４８松井珠理奈、体調不良で入院|author=|url=http://www.sanspo.com/geino/news/20120404/akb12040418230006-n1.html|newspaper=Sanspo|date=2012-4-4|accessdate=2012-06-24|archiveurl=https://archive.is/SLxk|archivedate=2012-09-11}}</ref> Produser [[Yasushi Akimoto]] mengumumkan lewat [[Google+]] 6 April 2012 bahwa Matsui diberinya kesempatan untuk beristirahat.<ref>{{cite news|title=入院・松井珠の病状、秋元氏が改めて説明 |author=|url=http://www.daily.co.jp/newsflash/2012/04/06/0004949982.shtml|newspaper=Daily Sports Online|date=2012-4-7|accessdate=2012-06-24|archiveurl=http://web.archive.org/web/20120407051328/http://www.daily.co.jp/newsflash/2012/04/06/0004949982.shtml|archivedate=2012-04-07}}</ref> Setelah beristirahat selama 14 hari, Matsui muncul dalam konser ''SKE48 Harucon 2012 "SKE Senyou Gekijou wa Aki made ni Dekiru no ka?"'' di [[Nippongaishi Sports Plaza]], 14 April 2012. Namun ia hanya menyanyikan sebuah lagu, "Kareha no Station" yang biasa dinyanyikan [[Rena Matsui]].<ref>{{cite news|title=松井珠理奈１４日ぶり復帰、ダジャレも |author=|url=http://www.daily.co.jp/newsflash/2012/04/14/0004973344.shtml|newspaper=Daily Sports Online|date=2012-4-14|accessdate=2012-06-24|archiveurl=http://web.archive.org/web/20120415183732/http://www.daily.co.jp/newsflash/2012/04/14/0004973344.shtml|archivedate=2012-04-15}}</ref>
Pada 1 Juni 2012, ia tampil dalam pertunjukan teater AKB48 [[Team K 6th Stage "Reset"]]. Penampilannya itu sekaligus merupakan penampilan pertamanya sebagai anggota Tim K AKB48.<ref>{{cite news|title=SKE“兼任”珠理奈、ついにAKB公演デビュー|author=|url=http://www.oricon.co.jp/news/music/2012428/full/|newspaper=Oricon Style|date=2012-1-21|accessdate=2012-06-24}}</ref>
Perolehan suara yang didapatnya pada [[Pemilihan Umum Singel ke-27 AKB48]] Mei–Juni 2012 berhasil menempatkan dirinya di peringkat ke-9 anggota dengan perolehan suara terbanyak, sekaligus menjadikannya anggota ''senbatsu''. Peringkat yang diperoleh Matsui merupakan peringkat tertinggi yang pernah dicapai anggota SKE48 dalam empat kali pemilihan umum AKB48.<ref>{{cite web |url=http://ameblo.jp/akihabara48/entry-11270743041.html|title=AKB48 27thシングル選抜総選挙 開票結果 |author= |date=2012-06-06 |work= |publisher=AKB48 TOKYO DOME までの軌跡 |accessdate=2012-06-23}}</ref>
