Ayahnya adalah mantan [[Daftar magistrate kabupaten Kaohsiung|Magistrate Kabupaten Kaohsiung]] [[Chen Hsin-an (politikus)|Chen Hsin-an]].<ref name=cnaprofile>{{cite news|last1=Hsu|first1=Elizabeth|title=Chen Chien-jen vows to be more than just figurehead vice president|url=http://focustaiwan.tw/news/aftr/201601160035.aspx|accessdate=18 January 2016|agency=Central News Agency|date=16 Januari 2016}}</ref> Chen masuk [[Universitas Taiwan Nasional Taiwan]], dan meraih gelar [[Sc.D]]-nya dalam bidang genetik manusia dan epidemiologi dari [[Universitas Johns Hopkins]]. Ia memulai karir pengobatannya dengan meneliti hepatitis B, dan membantu meningkatkan kesadaran tentang vaksinasi untuk penyakit tersebut di Taiwan.<ref name=cnaprofile/> Chen kemudian meneliti resiko kanker hati pada orang-orang dengan penyakit hepatitis B.<ref name=natureprofile/> Chen juga menemukan hubungan arsenik dengan penyakit kaki hitam.<ref name=cnaprofile/><ref>{{cite journal|last1=Tseng|first1=Chin-Hsiao|last2=Chong|first2=Choon-Khim|last3=Tseng|first3=Ching-Ping|last4=Centeno|first4=José A.|title=Blackfoot Disease in Taiwan: Its Link with Inorganic Arsenic Exposure from Drinking Water|journal=Ambio|date=Februari 2007|volume=36|issue=1|pages=82-84|url=http://www.jstor.org/stable/4315790}}</ref> Penelitian arsenik tersebut membuat terjadinya pembaharuan standar-standar kesehatan internasional untuk paparan arsenik.<ref name=natureprofile>{{cite journal|last1=Cyranoski|first1=David|title=Taiwan’s SARS hero poised to be vice-president|journal=Nature|date=13 January 2016|volume=529|issue=7585|doi=10.1038/529136a|url=http://www.nature.com/news/taiwan-s-sars-hero-poised-to-be-vice-president-1.19148}}</ref>
