Gereja-gereja Baptis Independen menuliskan bahwa sejarah mereka dapat ditelusuri kembali ke gerakan Anabaptis pada masa Reformasi, lalu ke kelompok-kelompok Waldenses, Bogomil, Novatian (dan kelompok-kelompok bawah tanah separatis lainnya) pada abad-abad pertengahan, dan sampai ke para Rasul pada abad pertama.<ref>"I Will Build My Church: The Doctrine and History of Baptists," oleh Thomas Strouse, Tabernacle Baptist Theological Press (1995).</ref> Namun, istilah "Baptis Independen" baru muncul pada awal badabad 20. Bangkitnya gerakan ini dipicu oleh meningkatnya [[modernisme]] dan [[liberalisme]] dalam denominasi-denominasi [[Baptis]] di 1800an akhir dan 1900an awal, baik di [[Amerika Serikat]] maupun di [[Inggris]]. Banyak gereja lokal Baptis yang mulai merasa bahwa elemen-elemen inti dan doktrin-doktrin Iman Kristen sedang ditinggalkan, seperti sifat Allah, ketiadasalahan [[Alkitab]], pribadi [[Yesus Kristus]] sebagai manusia dan Allah, sifat [[Tritunggal]], kebangkitan literal dan jasmaniah [[Kristus]] dan perlunya orang-orang Kristen memisahkan diri dari keduniawian. Pada saat yang sama, di denominasi-denominasi lain (Presbiterian, Methodis), perdebatan yang sama sedang berkecamuk menjadi kontroversi antara kelompok Fundamental dengan kelompok Modernis. Sebagai hasilnya, banyak dari antara jemaat-jemaat lokal Baptis ini yang memisahkan diri dari denominasi asal mereka dan mendirikan gereja-gereja lokal yang independen. Elemen-elemen yang konservatif dalam berbagai denominasi Baptis, banyak yang memilih keluar daripada tetap dalam denominasi, dan mendirikan gereja-gereja Baptis Independen.<ref>''In Pursuit of Purity: American Fundamentalism Since 1850'', by David O. Beale, BJU Press (June 1986), ISBN 978-0-89084-350-5</ref>
