Negara [[Turki]] modern masihsaat mewajibkanini memberlakukan hukum yang menyatakan bahwa Patriark Konstantinopel haruslah seorang warga negara Turki (meskipun hampir seluruh warga Ortodoks Yunani telah meninggalkan Turki). namunNamun, Turki mengizinkan Sinode Para Uskup Metropolitan untuk memilih Patriark Konstantinopel.<ref>Situs Web Patriarkat Ekumenis: [http://www.ec-patr.gr/athp/index.php?lang=en Biografi Patriark Bartolomeus I]. Retrieved on 2006-11-28</ref> Oleh karena itu, sejak berdirinya negara Turki modern, jabatan Patriark Ekumenis diduduki oleh warga etnis [[Yunani]], yang harus menjadimerupakan warga negara Turki karenasejak kelahiranlahir.
Kelompok-kelompok hak azasiasasi manusia dan pemerintah-pemerintah negara lain sudah lama memprotes syarat-syarat yang ditetapkan pemerintah Turki atas Patriark Ekumenis tersebut.<ref>EU Turkey Civic Commission: [http://www.eutcc.org/articles/8/15/document229.ehtml EU Draft Report on Turkey's Progress Towards Accession 2006/2118 (INI)]. Retrieved on 2006-11-28</ref> Sebagai contoh, status ekumenis yang dikenakan padanya dalam Ortodoksi Timur, dan diakui oleh pemerintah [[Ottoman]], kerap menjadi sumber kontroversi di [[Republik Turki]] yang, menurut undang-undang kaum minoritas keagamaan, secara resmi mengakui dia hanya sebagai "Patriark Fener" ([[Fener]] adalah distrik di [[Istanbul]] tempat kantor pusat patriarkat). EkspropriasiPenyitaan properti Gereja dan penutupan Sekolah Teologi Ortodoks di Halki juga disinggung oleh kelompok-kelompok hak azasiasasi manusia. SekalipunMeskipun demikian, pada tahun [[2004]], Patriarksetelah Bartolomeususaha berhasil, setelahselama 80 tahun, Patriark Bartolomeus berhasil mengganti komposisi keanggotaan Sinode Tetap Para Uskup Metropolitan di Konstantinopel yang berjumlah 12 orang itu sehingga dapat pula mencakup enam orang uskup dari luar Turki. Dia juga menggelar pertemuan seluruh uskup dalam wilayah yurisdiksinya dua kali setahun di Konstantinopel.
Patriarkat Ekumenis Konstantinopel telah menjadi target serangan bom (pada tahun 1993, 1994, 1996, 1997, 1998, 2004), penajisan kompleks pemakaman, dan serangan perorangan terhadap Patriark Ekumenis.<ref>Internet Hak Azasi Manusia: [http://www.hri.ca/fortherecord2000/vol6/turkeytr.htm Sistem Hak Azasi Manusia Perserikatan Bangsa-Bangsa]. Retrieved on 2006-11-28</ref>
