Ide dan Gagasan Cak Nur tentang sekularisasi dan pluralisme tidak sepenuhnya diterima dengan baik di kalangan masyarakat Islam Indonesia. Terutama di kalangan masyarakat Islam yang menganut paham tekstualis literalis (tradisional dan konservatif) pada sumber ajaran Islam. Mereka menganggap bahwa paham Cak Nur dan Paramadinanya telah menyimpang dari teks-teks Al-Quran[[Alquran]] dan Al[[As-Sunnahsunnah]]. Gagasan Cak Nur yang paling kontroversial adalah saat dia mengungkapkan gagasan "''Islam Yes, Partai Islam No?''" yang ditanggapi dengan polemik berkepanjangan sejak dicetuskan tahun 1960-an <ref>[http://www.jakartapress.com/www.php/news/id/10573/Islam-Yes-Partai-Islam-No-Tetap-Jadi-Polemik.jp "Islam Yes, Partai Islam No" Tetap Jadi Polemik] - ''[[Jakarta Press]]'' [[Daring]], 22 Desember 2009. Diakses 22 April 2010.</ref>, sementara dalam waktu yang bersamaan sebagian masyarakat Islam sedang gandrung untuk berjuang mendirikan kembali partai-partai yang berlabelkan Islam. Konsistensi gagasan ini tidak pernah berubah ketika setelah terjadi reformasi dan terbukanya kran untuk membentuk partai yang berlabelkan agama.
