Nurdin terpilih sebagai Ketua PSSI pada tahun 2003. Ia mengumumkan ide menaturalisasikan pemain asing, menambah jumlah peserta Liga Indonesia tiap tahun sehingga tidak ada klub yang terdegradasi, menentang penghentian pengucuran dana [[APBD]] untuk klub, dan mengurangi sanksi Persebaya yang sebelumnya terlibat kerusuhan pertandingan secara besar-besaran (dari larangan main di kandang selama dua tahun menjadi hanya larangan sebanyak 3 kali pertandingan kandang).
=== Polemik ===
Pada 13 Agustus 2007, Nurdin Halid kembali divonis dua tahun penjara akibat tindak pidana korupsi dalam pengadaan minyak goreng.<ref name="nurdin penjara">{{cite news|url=http://www.antaranews.com/view/?i=1189740352&c=NAS&s=|title=Nurdin Halid Divonis Dua Tahun Penjara|date=14 September 2007|accessdate=9 Desember 2010|publisher=[[Lembaga Kantor Berita Nasional Antara|Antara]]}}</ref> Berdasarkan standar statuta [[FIFA]], seorang pelaku kriminal tidak boleh menjabat sebagai ketua umum sebuah asosiasi sepak bola nasional.<ref>{{cite book|url=http://www.fifa.com/mm/document/affederation/federation/standard_statutes_en_1609.pdf|title=Standard Statutes|publisher=[[FIFA]]|accessdate=2010-12-09|chapter= Article 32. Composition|pages=29|quote=''The members of the Executive Committee shall be no older than … [age to be completed by the Association] and no younger than … [age to be completed by the Association]. They shall have already been active in football, must not have been previously found guilty of a criminal offence and have residency within the territory of X.''}}</ref><ref name=munaslub>{{cite news|url=http://bola.okezone.com/champions/index.php/read/2007/11/01/49/57944/menegpora-minta-koni-desak-fifa-soal-status-ketua-umum-pssi|publisher=Okezone|date=2 November 2007|title=PSSI Harus Harus Hindari Munaslub}}</ref> Karena alasan tersebut, Nurdin didesak untuk mundur dari berbagai pihak<ref>{{cite news|url=http://www.kapanlagi.com/h/old/0000191633.html|title=Praktisi Olahraga: Nurdin Halid Harus Mundur Dari PSSI|publisher=[[Kapanlagi.com]]|date=19 September 2007|accesdate=9 Desember 2010}}</ref><ref>{{cite news|url=http://bola.kompas.com/read/2008/03/26/11572995/nurdin.harus.segera.dicopot|title=Nurdin Harus Segera Dicopot|date=26 Maret 2008|publisher=[[Kompas (surat kabar)|Kompas]]}}</ref><ref>{{cite news|url=http://www.goal.com/id-ID/news/1387/nasional/2008/05/08/688453/pengda-pssi-dki-setuju-desak-nurdin-mundur|title=Pengda PSSI DKI Setuju Desak Nurdin Mundur|date=8 Mei 2008|publisher=[[Goal.com]]}}</ref>; [[Jusuf Kalla]] (Wakil Presiden RI saat itu),<ref name=fifa>{{cite news|url=http://www.antaranews.com/berita/1194001734|publisher=[[Lembaga Kantor Berita Nasional Antara|Antara]]|date=2 November 2007|title=Nurdin Halid Menolak Mundur dari PSSI}}</ref> Ketua [[KONI]],<ref name=koni>{{cite news|url=http://www.tempointeraktif.com/hg/olahraga/2007/11/02/brk,20071102-110615,id.html|publisher=[[Majalah Tempo|Tempo]]|date=2 November 2007|title=Ketua KONI: PSSI Harus Pilih Ketua Baru}}</ref> dan bahkan [[FIFA]]<ref name=munaslub/><ref name=fifa/><ref>{{cite news|url=http://bola.okezone.com/champions/index.php/read/2007/11/01/49/57944/menegpora-minta-koni-desak-fifa-soal-status-ketua-umum-pssi|publisher=Okezone|date=1 November 2007|title=Menegpora Minta KONI Desak FIFA Soal Status Ketua Umum PSSI}}</ref> menekan Nurdin untuk mundur. FIFA bahkan mengancam untuk menjatuhkan sanksi kepada PSSI jika tidak diselenggarakan pemilihan ulang ketua umum.<ref>{{cite news|url=http://www.tempointeraktif.com/hg/olahraga/2007/11/02/brk,20071102-110668,id.html|publisher=Tempo|date =2 November 2007|title=FIFA Ancam Jatuhkan Sanksi Kepada PSSI}}</ref> Akan tetapi Nurdin bersikeras untuk tidak mundur dari jabatannya sebagai ketua PSSI, dan tetap menjalankan kepemimpinan PSSI dari balik jeruji penjara.<ref name=fifa/><ref name=koni/><ref>{{cite news|url=http://www.tempointeraktif.com/hg/olahraga/2007/11/02/brk,20071102-110657,id.html|publisher=Tempo|date =2 November 2007|title=Nurdin Halid Menolak Mundur dari PSSI}}</ref><ref name=lindungi>{{cite news|url=http://www.tribunnews.com/2010/12/04/lindungi-indonesia-dari-godaan-nurdin-yang-terkutuk|publisher=[[Tribun News]]|date =5 Desember 2010|title=Lindungi Indonesia dari Godaan Nurdin yang Terkutuk}}</ref> Agar tidak melanggar statuta PSSI, statuta mengenai ketua umum yang sebelumnya berbunyi "harus tidak pernah terlibat dalam kasus kriminal" ({{lang-en|“They..., must not have been previously found guilty of a criminal offense...."}}) diubah dengan menghapuskan kata "pernah" ({{lang-en|"have been previously"}}) sehingga artinya menjadi "harus tidak sedang dinyatakan bersalah atas suatu tindakan kriminal" ({{lang-en|"... must not found guilty of a criminal offense..."}}).<ref>{{cite news|url = http://bola.okezone.com/read/2010/03/31/51/317878/soal-statuta-fifa-nurdin-punya-kartu-truf|title = Soal Statuta FIFA, Nurdin Punya Kartu Truf|publisher = Okezone|date = 31 Maret 2010}}</ref><ref>{{cite news|url = http://www.goal.com/id-ID/news/1390/pssi/2010/03/07/1822019/inilah-rapor-merah-nurdin-halid|title = Inilah Rapor Merah Nurdin Halid|publisher = Goal.com|date = 7 Maret 2010}}</ref> Nurdin kembali menjabat sebagai ketua PSSI.<ref name=lindungi/><ref>{{cite news|url=http://bola.okezone.com/read/2008/11/27/49/168195/49/nurdin-langsung-aktif-sebagai-ketua-pssi|publisher=Okezone|date=27 November 2008|title=Nurdin Langsung Aktif sebagai Ketua PSSI}}</ref> Ia ditemukan tidak bersalah oleh Pengadilan<ref>{{Cite news|url=https://m.tempo.co/read/news/2005/06/16/05562592/nurdin-halid-bebas|title=Nurdin Halid Bebas {{!}} nasional {{!}} tempo.co|last=Tempo.Co|newspaper=Tempo News|access-date=2016-11-16}}</ref>
[[Berkas:NH ICA1.jpg|jmpl|Sebagai Vice-President Organisasi Kooperasi Internasional ICA - AP Regional Meeting di New Delhi, India]]
