Pantai selatan Honshū membujur sejajar dengan [[Palung Nankai]], yang menandai [[subduksi]] dari [[Lempeng Laut Filipina]] di bawah [[Lempeng Eurasia]]. Gerakan pada [[batas lempeng konvergen]] ini menyebabkan banyak terjadi gempa bumi, beberapa di antaranya termasuk [[Gempa bumi zona subduksi|tipe zona subduksi]] (tipe ''megathrust''). Gempa bumi raksasa Nankai memiliki lima segmen berbeda (A-E) yang bisa pecah secara terpisah,<ref name="Ando">{{cite journal|last=Ando|first=M.|year=1975|title=Source mechanisms and tectonic significance of historical earthquakes along the nankai trough, Japan|journal=Tectonophysics|volume=27|issue=2|pages=119–140|url=http://www.sciencedirect.com/science?_ob=ArticleURL&_udi=B6V72-488946W-V&_user=7763359&_coverDate=06%2F30%2F1975&_rdoc=2&_fmt=high&_orig=browse&_srch=doc-info(%23toc%235830%231975%23999729997%23411366%23FLP%23display%23Volume)&_cdi=5830&_sort=d&_docanchor=&_ct=7&_acct=C000054050&_version=1&_urlVersion=0&_userid=7763359&md5=de6402adea71f15ca0590abd8072d91b|accessdate=2009-11-13|doi=10.1016/0040-1951(75)90102-X|bibcode = 1975Tectp..27..119A }}</ref><ref name="Ishibashi">{{cite journal|last=Ishibashi|first=K.|year=2004|title=Status of historical seismology in Japan|journal=Annals of Geophysics|volume=47|issue=2/3|pages=339–368|url=http://www.earth-prints.org/bitstream/2122/763/1/02Ishibashi.pdf|accessdate=2009-11-22}}</ref> segmen-segmen tersebut telah pecah secara sendiri atau bersama berulang kali selama 1.300 tahun terakhir.<ref name="Sieh">{{cite book|last=Sieh|first=K.E.|title=A Review of Geological Evidence for Recurrence Times of Large Earthquakes|year=1981|url=http://www.gps.caltech.edu/~sieh/pubs_docs/papers/P81b.pdf|accessdate=2009-11-13}}</ref> [[Gempa bumi zona subduksi Nankai|Gempa bumi zona subduksi (''megathrust'') pada struktur ini]] cenderung terjadi berpasangan, dengan selang waktu yang relatif singkat di antara mereka. Selain dua peristiwa pada tahun 1854, terjadi gempa serupa di tahun 1944 dan 1946. Dalam setiap kasus, segmen timur laut pecah sebelum segmen barat daya.<ref name="Kaneda">{{cite journal|last=Kaneda|first=Y.|author2=Kawaguchi, K. Araki|author3=E. Matsumoto|author4=H. Nakamura|author5=T. Kamiya|author6=S. Hori, T.|author7=Baba, T.|last-author-amp=yes|year=2007|title= Precise real-time observatory and simulating phenomena of earthquakes and tsunamis around the Nankai Trough - Towards the understanding of mega thrust earthquakes|journal=Underwater Technology and Workshop on Scientific Use of Submarine Cables and Related Technologies, 2007. Symposium on|pages=299–300|url=http://ieeexplore.ieee.org/xpl/freeabs_all.jsp?arnumber=4231136|accessdate=2009-11-13}}</ref> Pada peristiwa 1498, gempa tersebut diperkirakan telah memecah segmen C, D, dan E, dan kemungkinan A dan B. Jika kedua bagian zona subduksi (''megathrust'') itu pecah, kejadiannya akan serentak, atau cukup dekat waktunya, sehingga tidak dapat dibedakan oleh sumber sejarah.<ref name="Ishibashi"/>
