Pada tahun 2000, [[Pemerintah Transisi Nasional]] dibentuk, diikuti oleh [[Pemerintah Transisi Federal]] (TFG) pada tahun 2004. Kecenderungan untuk mengurangi konflik terhenti pada tahun 2005, dan konflik baru yang merusak terjadi di selatan pada tahun 2005 hingga 2007.<ref>Menkhaus 2007, op. cit., 76.</ref> Namun, peristiwa tersebut memiliki skala dan intensitas yang jauh lebih rendah daripada di awal tahun 1990-an.<ref name="Fsip7"/> Pada tahun 2006, pasukan Ethiopia merebut sebagian besar wilayah selatan dari [[Serikat Pengadilan Islam]] (ICU) yang baru dibentuk. ICU kemudian terpecah menjadi kelompok yang lebih radikal, terutama [[Al-Shabaab (kelompok militan)|Al-Shabaab]], yang sejak saat itu telah memerangi pemerintah Somalia dan pasukan penjaga perdamaian [[AMISOM]] yang diberi mandat untuk mengontrol negara ini. Somalia menduduki puncak [[Indeks Negara Gagal]] tahunan selama enam tahun, antara 2008 dan 2013.<ref>{{cite news|url=http://library.fundforpeace.org/fsi14-overview|title=Failed States Index 2014: Somalia Displaced as Most-Fragile State|first=J.J.|last=Messner|publisher=The Fund for Peace|date=24 June 2014|accessdate=18 May 2015}}</ref>
Pada bulan Oktober 2011, setelah rapat persiapan, pasukan Kenya memasuki wilayah selatan Somalia (''[[Operasi Linda Nchi]]'') untuk memerangi Al-Shabaab,<ref name="Npklois">{{cite news|title=Kenya launches offensive in Somalia|url=http://news.nationalpost.com/2011/10/16/kenya-launches-offensive-in-somalia/|accessdate=2 May 2015|agency=Reuters|date=16 Oktober 2011}}</ref> dan untuk membentuk zona penyangga di Somalia.<ref>United Nations Security Council, Report of the Monitoring Group on Somalia and Eritrea pursuant to Security Council Resolution 2002 (2011), S/2012/544, p.226</ref> Pasukan Kenya secara formal diintegrasikan ke dalam pasukan multinasional pada bulan Februari 2012.<ref name="Akkdf">{{cite web|title=Kenya – KDF|url=http://amisom-au.org/kenya-kdf/|publisher=AMIS|accessdate=5 Mei 2015}}</ref> Pemerintah Federal Somalia kemudian didirikan pada bulan Agustus 2012, merupakan pemerintah pusat permanen pertama di negara ini sejak dimulainya perang saudara.<ref name="Cosgmsos">{{cite web|title=Communiqué on Secretary-General's Mini-Summit on Somalia|url=https://www.un.org/News/Press/docs/2012/sg2187.doc.htm|publisher=United Nations|accessdate=18 Mei 2015}}</ref> Para pemangku kepentingan dan analis internasional kemudian mulai menggambarkan Somalia sebagai "negara rapuh", yang melakukan beberapa kemajuan menuju stabilitas.<ref name=Balthasar>{{cite news|url=http://www.fairobserver.com/region/africa/new-approaches-needed-state-building-somalia-01748/|title=New Approaches Are Needed for State-Building in Somalia|first=Dominik|last=Balthasar|publisher=Fair Observer|date=19 November 2014|accessdate=26 Juni 2015}}</ref><ref name=FSI2013>{{cite news|url=http://library.fundforpeace.org/fsi13-overview|title=Failed States Index 2013: What Were You Expecting?|first=J. J.|last=Messner|publisher=The Fund for Peace|date=24 Juni 2013|accessdate=26 Juni 2015}}</ref><ref>{{cite web|title=The European Union announces more than €124 million to increase security in Somalia|url=http://europa.eu/rapid/press-release_IP-13-816_en.htm|publisher=European Commissioner|accessdate=22 Mei 2015}}</ref><ref>{{cite web|last1=Kay|first1=Nicholas|title=Somalia's Year of Delivery|url=http://goobjoog.com/english/?p=9513|publisher=Goobjoog|accessdate=22 Mei 2015}}</ref>
