Sejak mengikuti Liga Indonesia, Arema F.C. tercatat sudah 7tujuh kali masuk putaran kedua. Sekali ke babak 12 besar (1996/971997) dan enam kali masuk 8 besar( (1999/002000, 2001, 2002, 2005, 2006,& dan 2007). Walaupun berprestasi lumayan, tetapi Arema tidak pernah lepas dari masalah dana. Hampir setiap musim kompetisi masalah dana ini selalu menghantui sehingga tak heran hampir setiap musim manajemen klub selalu berganti. Pada tahun 2003, Arema mengalami kesulitan keuangan parah yang berpengaruh pada prestasi tim. Hal tersebut yang kemudian membuat pengelolaan Arema FCdiserahkan ke [[akuisisi|diakuisisiBentoel]] pengelolaanya diserahkan ke ([[Bentoel|PT Bentoel Internasional Tbk]]) pada pertengahan musim kompetisi 2003, meskipun pada akhirnya Arema terdegradasi ke Divisi I. Sejak kepemilikan Arema dipegang oleh PT Bentoel Internasional Tbk, prestasi Arema semakin meningkat; 2004 juaramenjuarai Divisi I,1 pada 20052004, dan 2006 juara [[Copa Indonesia]] pada 2005 dan 2006, 2007serta juara [[Piala Soeratin]] LRN U-18 pada 2007. Pada tahun 2006 dan 2007 Arema dan [[Benny Dollo]] mendapatkan penghargaan dari Tabloid Bola sebagai tim terbaik dan Pelatih terbaik.