IaPada tanggal 5 September 2005, Raja meninggal dunia bersama dengan Gubernur Sumatera Utara yang menggantikannya, [[HT. Rizal Nurdin]], dalam [[Mandala Airlines Penerbangan RI 091|kecelakaan pesawat Mandala Airlines]] pada 5 September 2005 di Jl. Jamin Ginting, Medan. Kecelakaan naas itu menewaskan 150149 orang penumpang, awak pesawat dan warga di sekitar lokasi kejadian. Pesawat jenis Boeing 737-200 buatan tahun 1981 bernomor penerbangan RI-091 yang membawa 112 penumpang dan lima awak pesawat tersebut jatuh dan meledak di Jalan Jamin Ginting, kawasan Padang Bulan, Kota Medan, sesaat setelah lepas landas dari Bandar Udara Polonia pukul 10.0615. Pesawat itu rencananya akan bertolakterbang ke Jakarta via Padang.
Ia meninggalkan empat orang anak, Hotmaria Siregar, Riri Rosalina Siregar, Yuriandi Siregar dan Siri Yulita Siregar, serta tiga orang cucu, dan istri Yuniar Pane.
