Akibat bentrokan ini, suasana kotaKota Tarakan mencekam. Warga di penjuru Tarakan yang dilanda ketakutan berbondong-bondong menuju tempat pengungsian. Titik-titik pengungsian ada di Yonif 613Raider 613/Raja Alam, Juata Permai, Bandara Internasional Juwata dan Lanud Anang Busra, Kompi Senapan C Yonif 613Raider 613/Raja Alam, di Mamburungan, MapolresMapolresta Tarakan yang menampung lebih dari 1.000 orang,<ref>[http://hariansib.com/?p=143582 Sinar Indonesia Baru - Bentrokan Tarakan Korban Tewas 5 Orang, Seribu Orang Mengungsi ke Mapolres Tarakan]. Diakses pada 2 Oktober 2010</ref> LanalLantamal XIII/Tarakan Jl Yos Sudarso dan SDSDN 029 Juata Permai dan beberapa tempat lainnya. Dari catatan Polda KaltimKaltara, jumlah pengungsi mencapai 40.170 jiwa.<ref>[http://www.sapos.co.id/index.php/berita/detail/Rubrik/9/7111 Samarinda Pos - Pengungsi Tarakan Capai 40.170 Jiwa]. Diakses pada 2 Oktober 2010</ref> Mereka memenuhi sejumlah fasilitas militer dan polri, guna menyelamatkan diri dari amukan massa. Bahkan ribuan warga Kota Tarakan diungsikan keluar pulau seperti di [[Pulau Nunukan]].
