[[Pungutan liar]] yang dilakukan ''batur'' atau pemuda dari desa sekitar pura telah lama menjadi masalah bagi wisatawan yang hendak mengunjung pura ini. Di pintu masuk pura pengunjung sudah dikenakan biaya tiket masuk resmi sebesar Rp 1560 ribu untuk turis Asing dan Rp. 40.000 untuk turis domestik/per orang dan Rp 5 ribu untuk kendaraan roda empat. Tapi, ketika melewati sebuah pos, pengunjung kembali dimintai sejumlah uang. Dalihnya sebagai uang kebersihan dan jasa pemandu. Biasanya turis asing dimintai biaya tambahan 50 dollar AS, sementara turis lokal dimintai uang sebesar 200.000 rupiah. Ini adalah pungutan liar, dan wisatawan disarankan untuk melawan pemerasan ini. Keluhan sudah bermunculan dan tindakan pemerasan ini telah mencemari citra pariwisata Bali, akan tetapi aparat setempat tidak melakukan tindakan apapun untuk menghentikannya.<ref>{{cite news | title = Ada Pungutan Liar di Besakih, Pariwisata Bali Tercoreng | work = CNN Indonesia | url = http://www.cnnindonesia.com/gaya-hidup/20160310114652-269-116495/ada-pungutan-liar-di-besakih-pariwisata-bali-tercoreng/}}</ref> Belakangan di ketahui bahwa masalah ini sudah sedikit berkurang karena ada peningkatan pengawasan dari otoritas keamanan setempat.
