KRL ini sebenarnya sudah ada diera 1980'an dan menggunakan KL-2 861xx / KL-2 871xx (Sekarang KL-3 861xx / KL-3 871xx) [[Keretakereta Relrel Listriklistrik Rheostatik|KRL Rheostatik]] berbahan baja anti karat (''Stainless Steel''). Pada tahun 1994, KRL AC Pakuan Utama diluncurkan sebagai brand Perumka (Sekarang [[Kereta Api Indonesia|PT.Kereta Api Persero]] ), dan awalnya KRL AC tersebut untuk KLB Presiden [[Soeharto]] untuk meresmikan jalan layang Jakarta Kota-Manggarai. Pada tahun berikutnya KRL KL-2 941xx ([[Keretakereta Relrel Listriklistrik BN-Holec|KRL BN-Holec]]) digunakan untuk KRL Pakuan bisnis, lalu pada tahun 2000 KRL Pakuan AC menggunakan KRL Toei 6000 , lalu disusul [[Keretakereta Relrel Listriklistrik JR East Seriseri 103|JR East 103]] eks Musashino Line, [[Keretakereta Relrel Listriklistrik Tokyu seri 8000|KRL Tokyu 8000]] dan [[[[Kereta Rel Listrik Tokyu seri 8500|8500]], [[Keretakereta Relrel Listriklistrik Tokyo Metro seri 5000|KRL Tokyo Metro 5000]], [[Keretakereta Relrel Listriklistrik Tokyo Metro seri 7000|7000]], [[Keretakereta Relrel Listriklistrik Tokyo Metro seri 05|05]], [[Keretakereta Relrel Listriklistrik Toyo Rapid seri 1000|KRL Toyo Rapid 1000]]. KRL ini melakuan perjalanan terakhirnya di akhir bulan Juni 2011 menggunakan KRL Tokyu 8500 sebagai KRL Pakuan Ekspres AC terakhir.
