Seiring berjalannya waktu dan berubahnya Regulasi, dipada tahun 1989 PJKA menghentikan pengoperasian seluruh armada kapal yang dimiliki dan menyerahkan sepenuhnya untuk dioperasikan dan dikelola oleh PERUM ASDP. Selanjutnya PJKA hanya fokus pada bisnis utamanya yaitu mengelola Kereta Api.<ref name=":lintas nusa"/> Sebab sebab divisi ini ditutup antara lain karena dibangunnya pelabuhan baru di Banyuwangi (Ketapang), di Lampung (Bakauheni), dibukanya [[Jembatan Ampera]] untuk umum di Palembang, serta ditutupnya jalur kereta api di pulau Madura semakin menambah suram nasib divisi ini. Beberapa saat sebelum dibubarkan, induk perusahaan divisi ini memberikan konsekuensi yang harus dipilih oleh semua karyawan yang ada yaitu tetap menjadi pegawai kereta api tetapi harus naik ke darat atau tetap di air tetapi dialihkan menjadi karyawan ASDP. Setelah ditutup, ASDP mengakuisisinya beserta seluruh armada dan layanannya.
