Akibat [[pemanasan global]] dan [[Kenaikan permukaan laut|naiknya permukaan air laut]] di awal abad ke-21, sebagian besar daratan [[Bumi]] telah tenggelam. Pada tahun 2039, armada [[kapal perang]] yang dipersenjatai dengan teknologi canggih secara misterius muncul dan menghancurkan [[angkatan laut]] di seluruh [[dunia]]. Kapal-kapal ini secara kolektif disebut sebagai "Fleet of Fog" (霧の艦隊, Kiri no Kantai, "Armada Kabut"). Mereka memblokade laut dan udara untuk mencegah manusia untuk berkomunikasi dan berpergian ke [[negara]] lain. Selama blokade, Fleet of Fog membuat "Mental Model", [[avatar]] [[humanoid]] yang memiliki sebuah "Union Core" sebuah kapal. Union Core berfungsi sebagai sarana untuk mengembangkan diri dan untuk mengatasi kurangnya pemikiran kreatif atas taktik yang dimiliki oleh [[manusia]]. Sedangkan Mental Model digunakan untuk menyusupi [[masyarakat]] dan mengumpulkan [[intelijen]].
