Turnamen ini dirusak oleh pertandingan yang tidak sportif antara [[Tim nasional sepak bola Thailand|Thailand]] dan [[Tim nasional sepak bola nasional Indonesia|Indonesia]] selama babak penyisihan grup.<ref name="roar">{{cite web|url=http://m.goal.com/s/en-sg/news/3880/singapore/2012/11/14/3485773/aff-cup-1998-lions-roar-to-victory-in-vietnam|title=AFF Cup 1998: Lions Roar to victory in Vietnam|author=Khalis Rifhan|publisher=Goal.com|date=14 November 2012|accessdate=10 December 2016}}</ref> Kedua tim sudah memastikan lolos ke semifinal, tetapi kedua tim juga tahu bahwa pemenang pertandingan akan menghadapi tuan rumah [[Tim nasional sepak bola Vietnam|Vietnam]] di semifinal, sementara tim yang kalah akan menghadapi kejutan Pemenang grup [[Tim nasional sepak bola Singapura|Singapura]], yang dianggap sebagai lawan yang lebih mudah, dan juga menghindari gangguan dengan memindahkan pusat latihan tim dari [[Ho Chi Minh]] ke [[Hanoi]] untuk semifinal.<ref name="roar"/><ref name="bitter memories">{{cite web|url=http://video.tribunnews.com/view/12639/kenangan-pahit-18-tahun-lalu-laga-thailand-vs-indonesia-insiden-sepak-bola-gajah|title=Kenangan Pahit 18 Tahun Lalu Laga Thailand Vs Indonesia: Insiden Sepak Bola Gajah|author=Ndaruguntur|language=Indonesian|publisher=Tribun News|date=9 December 2016|accessdate=10 December 2016}}</ref> Babak pertama menunjukkan sedikit aksi, dengan kedua tim nyaris tidak berusaha mencetak gol. Selama babak kedua kedua tim berhasil mencetak skor, menghasilkan skor 2-2 setelah 90 menit. Selama masa tambahan waktu, meskipun dua bek Thailand mencoba untuk menghentikannya, bek Indonesia [[Mursyid Effendi]] sengaja mencetak [[gol bunuh diri]], memberikan Thailand kemenangan 3-2.<ref name="bitter memories"/> [[FIFA]] mendenda kedua tim $40.000 karena "melanggar semangat permainan", sementara Mursyid dilarang bermain sepak bola di Indonesia selama satu tahun dan sepakbola internasional seumur hidup.<ref name="flash back">{{cite web|url=https://uk.sports.yahoo.com/news/flash-back-aff-cup-1998-034345125.html|title=Flash Back: AFF Cup 1998|author=Zulhilmi Zainal|publisher=[[Yahoo! News]]|date=15 November 2016|accessdate=10 December 2016}}</ref> Di semifinal, Thailand kalah dari Vietnam, dan Indonesia kalah dari Singapura.Di final, gelar itu untuk menghindari tuan rumah, karena mereka kalah 1-0 atas Singapura menjadi salah satu kontroversi terbesar sepanjang sejarah kompetisi hingga saat ini.<ref name="flash back"/>
