Kyai Marzuqi saat ini juga merupakan Dosen di Fakultas Humaniora dan Budaya UIN Maliki Malang<ref>{{Cite web|url=http://sekolahsabilillah.sch.id/tentang-kami/testimoni-orang-tua/item/44-k-h-marzuki-mustamar-m-ag|title=K.H. Marzuki Mustamar, M.Ag|website=sekolahsabilillah.sch.id|language=en-gb|access-date=2019-01-31}}</ref><ref>{{Cite web|url=http://humaniora.uin-malang.ac.id/profil/struktur-organisasi/34-profil|title=Profil - Fakultas Humaniora UIN Maulana Malik Ibrahim Malang|website=humaniora.uin-malang.ac.id|access-date=2019-01-31}}</ref>. Pada tahun 2010, ia telah melahirkan salah satu karya monumental yang kini sudah puluhan kali dicetak ulang dan disampaikan di hampir ke seluruh penjuru nusantara dalah Kitab ''Al-Muqtathafat li ahl al-Bidayat''. Buku berbahasa arab ini berisi sanggahan kepada beberapa kelompok, terutama kelompok salafi wahabi yang suka membid’ahkan amaliah kaum Nahdliyyin, dikutip dari dalil-dalil Al-Quran, As-Sunnah, dan kaidah Ushul Fiqh<ref>{{Cite web|url=http://www.nu.or.id/post/read/44144/kitab-quotal-muqtathofatquot-bisa-jadi-senjata-atasi-wahabi|title=Kitab|last=Online|first=N. U.|website=NU Online|language=en-us|access-date=2019-01-31}}</ref><ref>{{Cite web|url=https://radarmalang.id/disusun-satu-bulan-kitab-al-muqtathofat-dicetak-ratusan-ribu-eksemplar/|title=Disusun Satu Bulan, Kitab Al Muqtathofat Dicetak Ratusan Ribu Eksemplar|last=Kristanti|first=Lizya Oktavia|date=2017-05-28|website=Radar Malang Online|language=en-US|access-date=2019-01-31}}</ref>.
Karya lainnya adalah buku berjudul, "Solusi Hukum Islam Bersama Kiai Marzuqi Mustamar" yang terbit pada 2016<ref>{{Cite web|url=https://bukalapak.com/p/hobi-koleksi/buku/agama-kepercayaan/7l1bz1-jual-solusi-hukum-islam-bersama-kiai-marzuqi-mustamar|title=Jual Solusi Hukum Islam Bersama Kiai Marzuqi Mustamar di lapak Gus Duri Store gusduristore|website=Bukalapak.com|language=id-ID|access-date=2019-01-31}}</ref><ref>{{Cite web|url=https://radarmalang.id/al-muqtathofat-jawab-semua-keraguan-tentang-amaliah-nu/|title=Al-Muqtathofat Jawab Semua Keraguan tentang Amaliah NU|last=Kristanti|first=Lizya Oktavia|date=2017-05-27|website=Radar Malang Online|language=en-US|access-date=2019-01-31}}</ref>.
