Saat ini stasiun ini melayani bongkar muat [[semen]] dan sejak 20 Juni 2016 juga melayani penumpang [[Kereta api Prambanan Ekspres|KA Prameks]].<ref>{{cite news|url=http://jogja.tribunnews.com/2016/06/16/mulai-20-juni-ka-prameks-berhenti-di-stasiun-brambanan|date=20 Juni 2016|title=Mulai 20 Juni KA Prameks Berhenti di Stasiun Brambanan|publisher=Tribun Jogja|accessdate=14 Agustus 2017}}</ref>
Ke arah timur stasiun ini, sebelum [[Stasiun Maguwo]], terdapat [[Stasiun Kalasan]] yang sudah tidak aktif sejak [[Jalur ganda|jalur ganda]] lintas [[Stasiun Kutoarjo|Kutoarjo]]-[[Stasiun Solo Balapan|Solo]] beroperasi.
Untuk mendukung operasional [[Jalur ganda|jalur ganda]], sistem persinyalan mekanik di stasiun ini diganti dengan sistem persinyalan elektrik buatan [[Len Industri|PT Len Industri]] (Persero) yang sudah dipasang sejak tahun 2013 dan kemudian mulai dioperasikan pada tanggal 1 Oktober 2018.<ref>{{Cite web|url=https://www.len.co.id/len-tandatangani-dua-kontrak-dengan-nilai-total-rp-464-milyar/|title=Len Tandatangani Dua Kontrak dengan Nilai Total Rp 464 Milyar {{!}} PT Len Industri (Persero)|language=en-US|access-date=2019-02-12}}</ref><ref>{{cite web|url=https://www.merdeka.com/uang/kalahkan-siemens-bumn-elektronik-raup-pendapatan-rp-23-triliun.html|title=Kalahkan Siemens, BUMN Elektronik Raup Pendapatan Rp23 Triliun|last=Mohamad|first=Ardyan|date=21 Juni 2013|publisher=Merdeka.com|accessdate=5 Oktober 2017|quote=Saat ini, masih ada pesanan proyek dari Kemenhub untuk menggarap persinyalan kereta di jalur Jogja-Solo, Duri-Tangerang, dan Parung-Maja.}}</ref>
