LembagaTerdapat 2 lembaga pendidikan negeri di desa ini terdapat dua buah, yaitu 1 buah Sekolah Dasar Negeri (SDN) dan 1 buah Madrasah Ibidaiyah Negeri (MIN). Selain Sekolah Negeri, di desa Coper juga terdapat [[Pesantren|Pondok Pesantren]] yaitu, [[Pondok Pesantren Putri Al-Mawaddah|Pesantren Putri Al-Mawaddah]] dan [[Pondok Pesantren Dipokerti]], di mana di dua pondok pesantren tersebut terdapat 1 Sekolah Dasar Islam Terpadu (SDIT), 2 buah Madrasah Tsanawiyah (MTs), 2 buah Madrasah Aliyah (MA), dan 1 buah Sekolah Menengah Kejuruan (SMK).<ref name="jetisdotorg"/>
