Beliau lahirmerupakan putra dari pasangan kekasih Al-Maghfurlah KH. Abdullah Faqih (Suci) dan HJ. Tswaibah. Dari pasangan kekasih tersebut lahir 5 orang anak, 3 orang putra dan 2 orang putri, '''KH. Masbuhin Faqih''' merupakan anak pertama (yang paling tua). Beliau memiliki silsilah yang mulya dan agung, yakni sampai ke [[Sunan Giri]]. Kalau diruntut, maka beliau adalah keturunan ke-12 dari kanjeng [[Sunan Giri]] Syeih Maulana Ishaq. Dengan runtutan seagai berikut:
