Sultan Yahya memindahkan kembali ibukotaibu kota dari Senapelan ke [[Mempura, Siak|Mempura]] karena terjadi perselisihan antara beliau dengan [[Ali dari Siak|Sayyid Ali]]. Sayyid Ali mendapat dukungan dari Tengku Muhammad Ali karena merupakan panglima besar baginda semasa beliau menjadi sultan dahulu dan juga merupakan keponakan beliau sendiri. Dengan sokongan dari pembesar-pembesar kerajaan, Sayyid Ali berhasil menyingkirkan Sultan Yahya yang dianggap lemah dan tidak cakap dalam memerintah. Sultan Yahya kemudian menyingkir ke Kampar, kemudian Trengganu, hingga akhirnya mangkat di Dungun, [[Melaka]] pada tahun 1791.<ref>Muchtar Lutfi, Suwardi MS, dkk (1998/ 1999), ''Sejarah Riau'', Biro Bina Sosial Setwilda Tk. I Riau.</ref>
